日本也有端午节。在日本古时又称“菖蒲节”。日语中的“菖蒲”一词，跟“尚武”一词的发音完全相同，因此备受武士的喜爱，以至于就把端午节作为“尚武日”大加庆祝，庆祝仪式中一般也会包括各种武艺竞技活动。日本平安时代（79?—1192年）的贵族阶层首先引进了中国的端午节。后来，这个节日传入民间。江户时代，端午节的各项要素已经普遍存在于日本民间生活之中。
日本主要的端午习俗包括：吃粽子和柏叶饼。日本的粽子是奈良时代之后的平安时代从中国传入的，当时的粽子只在皇宫中举行端午节时作为供品的，后来才得以普及。日本的粽子皮也是多种多样，有白茅、竹叶、蒿叶等等。所以，日语里又称粽子为“茅卷”。粽子主要是长锥形，不如中国的粽子品种多。端午这天的食物除了粽子，还有柏叶饼。这种饼流行于日本关东地区，外形像中国的茶果，呈圆形或半圆形，以洗净的梗米干燥后磨成的上新粉制成，包入甜馅料，做好后加上日语称为“柏”的槲栎叶或菝葜叶对折包在外面即成。
日本冲绳有端午竞渡习俗，称为“哈利”。长崎的“爬龙”活动就是竞渡。这都是从中国传入的。当然，与中国一样，日本的竞渡活动并不都是在端午节进行。像对马、岛根等地区的竞渡日期不是端午节，内容也是日本特有的神社祭祀仪式之一，这些恐怕是日本文化固有的。
日本端午节的独特之处是，挂鲤鱼旗，摆武士偶人。在日本，端午节主要是男孩子的节日，三月三是女儿节。所以，每到端午节，有男孩子的家庭要挂出鲤鱼形状的旗子，“鲤鱼旗”表示鲤鱼跳龙门。日本人之所以要把家里的男童和鲤鱼联系起来，是因为一个古老的成语——“鲤鱼跳龙门”。他们认为，当鲤鱼溯流而上遇上瀑布时，绝不会畏缩不前，而是要顽强地一跳，哪怕赔上身家性命也在所不辞。鲤鱼的强健体魄和这种不甘人后的性格让日本人大为感动并深受启发，就像中国人的“望子成龙”一样，日本人期望自家的男孩子将来能像鲤鱼一样，不仅体魄强健，而且奋发向上、事业辉煌。鲤鱼旗是用布或绸做成的空心鲤鱼，分为黑、红和青蓝三种颜色，黑代表父亲，红代表母亲，青蓝代表男孩，青蓝旗的个数代表男孩人数。五颜六色的鲤鱼旗在蔚蓝的天空里迎风飘动可以说是男孩节的一大特色。
日本的端午最早记载见于《日本书纪》推古天皇十九年（公元611年）。夏五月五日，药猎于菟田野。取鸡鸣时集于藤原池上。以会明乃往之。栗田细目臣为前部领，额田部比罗夫连为后部头。这是记录日本一千多年前五月五日出行狩猎或采集山野药草和猎取可以成为药材的鹿茸的节日习俗。
关于五月五日端午节，在日本有这样的起源。日本天平胜宝五年正月四日，日本博士中臣丸连张弓向孝谦天皇提出了一份勘奏。这份勘奏解释道：昔楚屈原为惠王以被放湘南，遂无所返征，则亥时而怀沙入汨罗之水而没己。其灵化而为鬼神，为天下做旱涝疫气之灾。或梦想诲曰，为天下作不祥之灾者，皆我灵气所成。欲消灾者，五月五日于罗水祭我灵者，即消灾矣。则风俗此日连楝叶之玉并茎，黏裹而投罗水之中祭之。依此而天下无灾。
在日本，菖蒲、艾叶作为端午节的主要避邪物，有着这样一段传说：从前有个叫平舒王的君主，诛杀了一个不忠之臣，这个奸臣死后化作一条毒蛇，不断害人。有个有智谋的大臣，头戴红色的蛇头，身上洒满菖蒲酒与之激战，最终制服了毒蛇。从此，在端午节时插菖蒲熏艾叶、喝菖蒲酒就成为了传统的风俗，日本人称“艾旗招百福，蒲剑斩千邪”。
现代日本的端午节主要是男孩子的节日。每到端午节，有男孩子的家庭要挂出鲤鱼形状的旗子，有一个男孩就挂一条，从鲤鱼旗的数量可以知道此户人家有多少个男孩子。鲤鱼旗是希望孩子像鲤鱼那样健康成长，有中国“望子成龙”的意思。在日本也有吃粽子柏叶饼和龙舟竞渡的习俗，目的是避邪。端午竞渡习俗，称为哈利或爬龙，但有的竞渡活动并不一定在端午节进行。
