根据家庭联产承包责任制的要求，村级组织是土地等集体财产的所有者代表，负责统分结合双层经营体制中集体层次的经营管理：经营管理集体所有的土地、山林、农业设施、企业、房产等资产；以所有者代表身份组织土地承包并获取土地承包收益；确定集体收益的用途；组织农民从事某些农业基本建设；为承包户提供农业社会化生产所需要的产前、产中、产后服务等。
根据《中华人民共和国村民委员会组织法》规定，村级组织同时还是农村公共事务管理者，在工作上接受乡级政府的指导并协助乡级政府开展工作。村级组织主要具有以下公共事务管理职能：提供村级公路、优抚五保金等公共产品；协助基层政府进行计划生育管理和社会治安治理；筹集公共事业经费和组织农民参加公共设施建设；村镇建设规划和村民宅基用地管理；保障村规民约的实施；代理或协助收缴农业税费；宣传法律、法规和国家的政策，教育和推动村民履行法律规定的义务等。
由此可见，村级组织既是集体资产所有者代表，负责集体经济实体的经营管理；又是一个公共事务管理组织，要接受乡级政府的指导并协助乡级政府开展工作。相应的，村级组织的目标也具有多元性，作为独立经济实体的经营管理机构，行为应符合经济效益最大化的市场经济内在要求，以发展壮大集体经济实力为己任；作为一个公共事务管理组织，则要求将社会效益放在第一位。但是经济效益和社会效益的成本收益界定是很不一样的，村级组织不可能同时实现经济效益最大化和社会效益最大化双重目标。在现实工作中，大多村级组织首先将自己定位为一个公共事务管理组织，而把集体经济利益放在第二位。
在实际运行中，村民不具有充分自治权、税费改革实施不完全的情况占一定比例，在这种情况下，村组织和乡级政府存在现实的上下级关系，村级组织职能的二重性将直接导致集体经济实体沦为行政机构的附属物、集体资产成为乡级政府的制度外收入、农业生产经营者受到多重管理和承受多层负担的农村现实困境。
１．村集体经济名存实亡，农业生经营负担过重
能在市场经济条件下生存发展的经济实体必须独立经营自负盈亏，以经济效益最大化而不是社会效益最大化为第一位，除照章纳税外不额外负担社会行政管理、公共产品支出等办社会的费用。但在村级组织二重性的条件下，村集体经济组织（以村委会为所有权代表和经营管理者）并不能按市场经济要求拥有独立产权和自主作出经济行为决策。相反，因为村级组织和乡级政府存在现实中的上下级关系，乡级政府可以直接撤换村干部并决定其报酬。从而乡级政府也可以较容易利用行政权力平调村集体资产、强行要求村集体高价购买各种非必要产品如报刊杂志、迫使村集体借贷完成财税任务等；另一方面村级组织也利用集体收入来支付如办公会务费、五保户供养、公路建设等公共事务管理支出。各部门加重农民负担的行为都能一定程度上通过村级组织的二重性实现。村集体收入实际上要为上级行政支出、本级公共支出和村集体生产经营支出三大支出付账。当村集体实有财力无法拉动这三辆大车时，村级组织为了生存需要，便可能凭借其土地所有者代表职能，联合乡村两级行政力量向农民伸手，使农民负担屡减屡增。在这种情况下，村集体经济在一定程度上沦为乡级政府的“制度外收入”和本级组织的“公共财政”，负担过重而无法运转。这就是一部分村集体容易陷入债务深渊中不能自拔的根本原因。
因为村级组织的职能二重性，村级组织为尽可能地降低其行为的实施成本，在行使其经济职能时也容易以准行政机构的身份出现，从而造成其经济职能行政化，如强迫农民种什么不种什么、强迫农民参加某些违背农民意愿的农田水利建设劳动、联合乡村二级强行收缴各项税费、用宅基地管理等职权为要挟迫使农民接受不合理负担等。村级组织还可以利用其经济职能来增强其行政权利，如用收回承包权为要挟迫使农民服从其指令等。最重要的是，在某些情况下，村级组织具有背弃承包合同，剥夺或调整农户承包经营权，并以准行政组织的身份对受侵害的农户进行压制能力。为了保住承包权利，农户往往不敢脱离承包的农地和改变其用途，于是人、地、土地利用方式都被僵化地绑在一起。
当村民享有充分的自治权，税费改革有效地减轻了农民负担时，村级组织的职能二重性仍然是农村经济发展的重要障碍，农业生产无法从根本上摆脱小农经济的阴影。
按“费改税”方案，村级组织收入改革后共有农业税附加和农业特产税附加、集体经营收入和“一事一议”筹资三部分。前两部分应属于集体资产所有权收益，后一部分按其用途具有公益事业集资或集体经营筹资的性质。按照“谁所有谁受益”的市场经济产权规则，集体资产所有权收益应当用于集体经济内部投资、或在所有者（村民）之间进行分配。但事实上村级组织首先是一个公共事务管理组织，集体资产所有权收益首先被用于满足公共事务管理和公共产品提供等非生产性支出的需要，集体收益成为集体生产经营内部的漏出，而满足农业生产社会化服务需要的统一投资和服务支出被放在第二位。至于“一事一议”筹资，在村级组织职能二重性情况下，可以用于公益事业、公共管理、集体投资等多种目的，存在对其筹资使用监督成本过高的问题，只能限定在低数额和小范围。
如上所述，由于村级组织的责权利、收入支出严重不对等，农业生产既要负担农村公共管理支出，又要承担集体层次生产经营支出（其中公共事务管理支出本应由国家公共财政负担为主）。由于公事管理支出优先于生产经营性支出，所以当税费标准定得较高时只能有一小部分集体收益用于农业生产集体层次投资经营支出，税费标准定得较低时则农业生产集体层次的投资和服务不能被提供，最多只能维持基本的公共事务管理和公共产品提供需要。在这种情况下，农业社会化生产所需要的集体层次的投资和服务永远不能被充分提供，农业生产经营只能在小农经济的阴影下徘徊，而与社会化生产渐行渐远。另一方面，提高村级可支配财力、重开加重农民负担口子的压力很大。
三、“村农分开”农村管理体制设想
村级组织改革的关键是按照市场经济的要求，将农户和村集体组织都改造成为真正的市场主体，能够以经济效益最大化为经营目标，并根据市场要求独立作出经营决策和承担经济责任。村集体不是真正的市场主体是因为村集体实际上要为农业生产集体投资经营和农村公共事务管理双重支出付账。农民不是真正市场主体是因为村级组织职能界限模糊造成现实中可能对其经营权和收益权的侵犯。可见，只有实行“村农分开”，即将原村级组织的集体财产所有者代表职能与公共事务管理职能分开行使，才能从根本上理顺农村管理中各重权利义务关系。
“村农分开”的初步设想是：
明确村集体经济组织的独立性，集体经济组织拥有全部集体资产的所有权，以经济效益最大化为目标，自主经营，自负盈亏，不受任何行政权力的干涉和侵犯。成立新的集体资产所有者代表机构（暂名为村农业和集体经济委员会，简称农集委），由集体资产原始所有者（全体村民）委托其行使土地等集体资产的所有者职能，并直接对委托人负责。农集委成员由原始所有者（全体村民）选举产生。作为集体经济组织代表，农集委和村委会、乡级政府不存在行政隶属或其它行政关系。原有的集体财产仍然实行集体所有制，不具体到个人。集体经济内部仍实行家庭联产承包责任制或其它经营形式，具体由农集委章程规定。当集体经济内部仍实行家庭承包责任制时，农集委应负责农业社会化生产所必需的集体层次的投资和服务，如组织农户统一购买农资和出售产品，聘请专兼职农业技术人员、组织统一农田水利设施建设等。各集体经济实体之间可以考虑互相兼并、跨区联合的产权流转机制出台。
在此基础上对原村级组织的职能进行调整和规范。村委会不再行使集体资产所有者代表职能，而专一从事公共事务管理职能，负责区域内的公共事务管理、公共产品提供和经济发展规划，接受乡级政府的指导并协助乡级政府开展工作，有条件地方的还可以考虑实施社区化改革等。
四、“村农分开”农村管理体制的积极意义
“村农分开”农村管理体制从制度上理顺了农业生产经营者、农村公共事务管理者、集体资产所有者代表之间的责权利关系，将农业生产经营者和集体经济组织重塑为真正的市场主体。
农集委独立专注地进行集体资产运营和提供农业生产社会化所必需的集体层次的投资和服务，使我国农业生产者能够打破小农经济困境，独立参与市场和国际竞争。同时农业社会化生产所需投资的筹资渠道也得到拓宽，因为农集委的筹资只能用于集体层次生产经营投资支出，对于能为其带来直接经济效益而不是用于非生产性开支的筹资项目，农户是乐于支出的。农户将具有更充分的经营自主权。更重要的是，农户有了更全面的集体资产经营管理参与权，农业管理体制和经营机制能够不断得到来农业生产者自身的创新，农业生产将具有持续发展的活力和潜力。在此基础上，土地流转体制改革和农业产业化经营、社会资本向农业的转移、农村人口的自由流动都有了明确的依据和内在的动力。
“村农分开”农村管理体制明确了村委会的职能界限，使乡村两级行为有了规范化的可能。在“村农分开”农村管理体制下， 村委会专注于行使其社会公共事务管理和公共产品提供职能，不能再借集体资产所有者的职能挤占集体收入和向农民转嫁各种负担，切断了各级政府及其部门借行政手段侵占集体资产和向农民伸手要钱的渠道，为农村民主法治建设、乡级政府机构改革和职能转变提供了依据。在此基础上，可以进一步规范乡村两级的行为和职能，使其更好地提供农村社会的公共事务管理、基础设施建设和经济建设规划服务，实现城乡社会管理体制的接轨。
此外，“村农分开”还能为农村人口社会保障、农业补贴、户籍制度改革、乡镇企业的产权改革等一系列现实问题提供依据和开辟道路。
