农药及其在自然环境中的降解产物，会污染大气、水体和土壤，会破坏生态系统，引起人和动、植物的急性或慢性中毒。
农药施用后，一部分附着于植物体上，或渗入株体内残留下来，使粮、菜、水果等受到污染;另一部分散落在土壤上(有时则是直接施于土壤中)或蒸发、散逸到空气中，或随雨水及农田排水流入河湖，污染水体和水生生物。农药残留通过大气、水体、土壤、食品，最终进入人体，引起各种慢性或急性病害。残留在食品中的农药的母体、衍生物、代谢物、降解物都能对人体产生危害。农药残留物的种类与数量与农药的化学性质、结构等特点有关。农药的残留性越大，在食品中的残留量越多，对人体的危害也越大。残留在食品中的农药可能会引起人的急性中毒或者慢性毒性，还可能致癌、致畸、致突变及对后代的影响。
农药分有机农药和无机农药。污染主要由有机氯农药、有机磷农药和有机氮农药等造成。造成农药污染的原因很多，如长期使用一些禁用的高毒高残留农药，或在作物上滥施乱用等。
易造成环境污染及危害较大的农药，主要是那些性质稳定、在环境或生物体内不易降解转化，而又有一定毒性的品种，如DDT等持久性高残留农药。
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