目前，我国卫生部颁布的食品微生物指标有菌落总数、大肠菌群和致病菌3项。对于不同的产品，微生物限量要求不同。
1、菌落总数
菌落总数是指食品检样在严格规定的条件下(样品处理、培养基及其pH值、培养温度与时间、计数方法等)培养后，单位重量(g)、容积(mL)或表面积(cm2)上，所生成的细菌菌落总数。
2、大肠菌群
肠杆菌科的埃希氏菌属，柠檬酸杆菌属，肠杆菌属和克雷伯菌属统称为大肠菌群。它们均来自人或温血动物肠道，不形成芽孢，在35-37℃条件下发酵乳糖产酸产气的革兰氏阴性杆菌。这些细菌是寄居于人及温血动物肠道内的常居菌，它随着大便排出体外。食品中如果大肠菌群数越多，说明食品受粪便污染的程度越大。故以大肠菌群作为粪便污染食品的卫生指标来评价食品的质量，具有广泛的意义。
3、致病菌
致病菌即能够引起人们发病的细菌。大肠菌群检验呈阳性，并怀疑食品可能受到致病菌污染时可进行致病菌检验。在我国现有的国家标准中，致病菌一般指“肠道致病菌和致病性球菌”，主要包括沙门氏菌、志贺氏菌、金黄色葡萄球菌、致病性链球菌等四种，致病菌不允许在食品中检出。
对不同的食品和不同的场合，应选择一定的参考菌群进行检验。如海产品以副溶血性弧菌作为参考菌群，蛋与蛋制品以沙门氏菌菌、金黄色葡萄球菌、变形杆菌等作为参考菌群，米、面类食品以蜡样芽孢杆菌、变形杆菌、霉菌等作为参考菌群，罐头食品以耐热性芽孢菌作为参考菌群等。
今天小编对食品微生物限量规定进行了简单的介绍，对于什么是食品微生物污染以及其他食品污染小知识还请了解更多本站上的食品安全知识，希望对您有所帮助。
