《规划纲要》依据环保部门生态保护的职能定位，提出“十三五”时期全国生态保护工作的指导思想和主要目标，明确重点工作和任务措施，指导各级环保部门开展自然生态保护工作。
生态保护主要目标是：到2020年，生态空间得到保障，生态质量有所提升，生态功能有所增强，生物多样性下降速度得到遏制，生态保护统一监管水平明显提高，生态文明建设示范取得成效，国家生态安全得到保障，与全面建成小康社会相适应。
具体工作目标：全面划定生态保护红线，管控要求得到落实，国家生态安全格局总体形成;自然保护区布局更加合理，管护能力和保护水平持续提升，新建30-50个国家级自然保护区，完成200个国家级自然保护区规范化建设，全国自然保护区面积占陆地国土面积的比例维持在14.8%左右(包括列入国家公园试点的区域);完成生物多样性保护优先区域本底调查与评估，建立生物多样性观测网络，加大保护力度，国家重点保护物种和典型生态系统类型保护率达到95%;生态监测数据库和监管平台基本建成;体现生态文明要求的体制机制得到健全;推动60-100个生态文明建设示范区和一批环境保护模范城创建，生态文明建设示范效应明显。
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