双氧水具有腐蚀性，其氧化性非常强，对皮肤的腐蚀性是很强的，浓度较高的双氧水滴在皮肤上会出现灼伤、疼痛的症状。
双氧水对健康的其他危害：吸入双氧水蒸气或雾，对呼吸道有强烈刺激性;眼直接接触液体可致不可逆损伤甚至失明;口服中毒出现腹痛、胸口痛、呼吸困难、呕吐、一时性运动和感觉障碍、体温升高等。个别病例出现视力障碍、癫痫样痉挛、轻瘫。
由于双氧水具有一定的腐蚀性，在医学上常常用双氧水做消毒剂。
医用双氧水浓度很低，一般来说浓度等于或低于3%。当双氧水与皮肤、口腔和黏膜的伤口、脓液或污物相遇时，立即分解生成氧。这种尚未结合成氧分子的氧原子，具有很强的氧化能力，与细菌接触时，能破坏细菌菌体，杀死细菌。此外，2%~3%的双氧水经常会作为冲洗药物而应用于口腔医学。例如口腔内科的根管治疗术，在扩大根管时，双氧水经常与生理盐水(0.9%氯化钠溶液)一起交替使用。同时，双氧水也是冠周冲洗的必备药物之一。由于口腔内，绝大部分的感染是来自于厌氧菌，因此，双氧水由于它的产氧作用，在口腔临床医学上的运用是十分广泛的。
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