传统的穴位是以经络作为基础并呈现出线状排列，而董氏奇穴则是以全身十个部位为基础的片状排列。
一一部位，是手指区域；二二部位，是手掌区域；三三部位，是前臂区域；四四部位，是上臂区域；五五部位，是脚趾区域；六六部位，是脚掌区域；七七部位，是小腿区域；八八部位，是大腿区域；九九部位是耳朵区域；十十部位，是头部区域；此外还有躯干的腰背胸腹部位。
一一到十十部位，所包含的奇穴可谓繁多。其中，七七部位与八八部位是董氏奇穴的精华区域，即从小腿与大腿的区域。
因为，这两个区域里，包含了能够治疗五脏疾病的“总穴位”，只要是调理脏腑疾病，使用董氏奇穴时难免少不了这几组“五脏总穴”。
他们分别是治疗肺的“驷马穴”，治疗心的“通关穴、通山穴、通天穴”，治疗肝的“上三黄穴”，治疗肾的“下三皇穴”与“通肾穴、通胃穴、通背穴”。
董公将肺、心、肝、肾这四脏的“总穴位”都公布出来，唯独脾的“总穴位”模糊不清，虽在小腿上的“足三重穴”具有治疗脾肿大的作用，但是此处的脾并非指中医的脾及脏象病，而是指现代医学解剖上的脾，因此，如果用“足三重穴”作为治疗脾脏疾病的“总穴位”，有所不妥。
董氏先辈在设立董氏奇穴的时候比较喜欢留有一手，虽然没有明指哪个奇穴是治疗脾胃疾病的“总穴位”，但是其重视脾胃的思想无不体现在治疗五脏疾病的“总穴位”上。
可以看看，几组治疗脏腑疾病的重要穴位的分布位置，治疗肺的“驷马穴”、治疗心的“通关、通山、通天三穴”都在胃经的经线范围内。
治疗肾的“下三皇穴”与“通肾、通胃、通背三穴”皆在脾经的经线范围内。
而治疗肝的“上三黄穴”虽然位于传统经络的肝经循行线上，但是该穴组位于大腿内侧的肌肉最丰厚处，脾主肌肉，肉应脾，这也是和脾胃有一定的关系的。
以上充分说明了董氏奇穴对脾胃学说的重视程度，或者可以说在创立董穴时，先辈们已经深受脾胃学说的影响，因为董氏奇穴里治疗脏腑疾病最重要的几组穴位都与脾胃经相关联。
其实，董氏奇穴治疗脾经的总穴位还是有的，它就是小腿的“下三皇穴”，这组穴本来就在传统经络的脾经路线上，可以治疗脾脏疾病，也是理所当然。
同时，“下三皇穴”也是补肾的重要穴位，凡是一切肾亏引起的疾病用之皆有疗效。这是通过补后天以滋先天的用法，因此，“下三皇穴”是脾肾双补的要穴，主要治疗各种脾肾两虚之症。
董公在治疗内科疾病中的，其很多是用了五行配五脏的原理方法去选穴治疗。
