先天性或遗传因素
先天性皮肤黑素细胞数量增加引起黑素沉着过度，常见的有蒙古斑、太田痣、伊藤痣真皮黑素细胞等。大多数是在细胞发育中黑素细胞的异常专业或迷走，未能进入表皮，停留在真皮层而形成。
内分泌与代谢因素
性腺分泌雌素、求偶素，可使黑素增多。如妊娠时出色素改变。肾上腺皮质激素有抑制促黑素细胞激素的作用，可使黑素减少，当肾上腺皮质功能减退时，皮肤黑素可增加州阿狄森病。甲状腺具有促进黑素细胞生成黑素的作用，因此甲状腺功能亢进时，皮肤色素可加深。
物理性因素
紫外线能诱发或加重某些色素沉着症，能使表皮内氢硫基-SH氧化或减少，或直接作用黑素细胞，导致络氨酸酶活性加强、黑素形成增多，使皮肤色素沉着。火激红斑是皮肤长期直接暴露于温和热辐射，加速了局部络氨酸与络氨酸酶的反应而导致持久性红斑及色素沉着。
化学因素
一些化学性质和某些药物引起色素沉着，但其发病机理可能不同。内用或外用某些药品可以产生色素沉着。皮肤药、心脏病药、口服各种避孕药，均能产生各种斑点。
劳动过程中接触的有关化学性和放射性及物理性因素可引起色素沉着。常见的有接触沥青、煤焦、重油等，都能使皮肤黑色素沉着。
营养因素
营养不良者皮肤色素异常加深的可能原因与维生素缺乏。如缺乏维生素A引起的毛囊性丘疹，对光过敏，引起暴露部位色素沉着。坏血病、维生素B缺乏、乞丐病等，吸收不良综合征等也可能引起黑色素沉着。
皮肤性或慢性炎症过程后常可发生色素沉着。色素沉着的程度与炎症的严重强度和病期有一定关系，但主要取决于皮肤病的性质及患者自身的皮肤光泽。肤色深或易晒黑的病人色素沉着较显著且持续时间较长。
肿瘤
其他原因
如纹身、纹唇等引起的美容病，因其使用颜料不同，皮肤呈不同颜色。还有多发性的其他疾病等。
