1957年至1958年，中央办公厅秘书室在整风反右运动中，围绕该室负责人应否划为右派问题发生了争论，戚本禹等八人被打成“反党集团”。毛泽东得知这一情况后大为不满，认为中直党委“扶右反左，插黑旗”。这就是“黑旗事件”。在这次事件中，许多人受到处分或牵连。
毛泽东亲自定性
1957年，中办秘书室在整风反右运动中，群众对该室负责人进行揭发批判。1958年春，围绕该负责人的问题是属于人民内部矛盾还是敌我矛盾、要不要划为右派分子问题发生争论。4月14日，主持秘书室工作的王刚宣布原负责人属于人民内部矛盾，引起一部分同志不满。有人把秘书室批判该室原负责人的情况反映到毛泽东那里。1958年4月，成都会议后毛泽东到了广州，就打电话叫杨尚昆(时任中央办公厅主任兼中直机关党委书记)马上去他那里。
第二天杨尚昆一到广州，田家英就对他说，主席发现一个情况很生气，说你们中直党委整人。田家英说，主席可能要狠狠地骂他一顿，先给他打个招呼，思想上有个准备。毛泽东把杨尚昆找去谈话时，江青也在场。毛泽东说，你这个中直党委书记是怎么当的?他还给杨尚昆等人戴了一顶帽子，叫做“扶右反左、插黑旗”。江青在一旁煽风点火，说“八司马”(毛泽东借用唐朝柳宗元等一批官员进行政治改革失败后被贬为州司马的故事，泛指以戚本禹为代表的、坚决主张划中办原秘书室负责人为右派分子的几个秘书室科以上干部。“八司马”具体指哪8个人，说法不一，也不一定仅限于8个人)都是好同志，你们整他们，要作检讨，向他们承认错误。
邓小平试图调解
毛泽东要杨尚昆和江青去找邓小平(当时在广州)，把这件事说清楚。邓小平听了江青和杨尚昆的汇报后说：“江青同志，你不是有意见吗?你们两边口说无凭，江青，你写一份材料给我;尚昆，你们中直党委也写一份材料给我，我们回北京以后再解决。”邓小平实际上是把江青给挡回去了。
毛泽东回到北京后，又把杨尚昆找去，这次有秘书室支部的田家英、王刚、阎草，中南海总支书记李东冶，中直党委的曾三、晓岚，还有“八司马”中的几位，江青没有出场。毛泽东狠狠地把他们批评了一顿，说你们举黑旗，你们违反了党纪国法，说中直党委对“八司马”采取这种手段是非常不对的，你们一定要承认错误。晓岚刚刚申辩了几句，就被在场的“八司马”们打断。他们说：“主席，她在你面前都这么厉害，对我们还用说吗?”李东冶表示要讲几句话，毛泽东摆摆手，说不用讲了，你们回去吧，回去马上开会。
大批人受处分
杨尚昆等人从毛泽东那里回来，连夜召开会议，传达毛泽东讲话精神。会上，江青声色俱厉地说，这件事是主席亲自抓的，你们必须如何、如何。接着就是在春耦斋开大会，连续开了七八天。既然毛泽东把结论都做了，大家只好检讨、再检讨。会议结束后，该室原负责人被定为右派分子，开除党籍，降6级工资，下放劳动;王刚和中直机关党委书记处书记曾三、刘华峰，中南海总支书记李东冶等一大批同志受到党纪处分。李东冶下放到辽宁，刘华峰下放到陕西。秘书室受党纪处分的和在政治鉴定中作思想右倾、立场不稳评语的总人数占秘书室总人数的60%。
后来，杨尚昆和曾三、邓典桃一起多次去毛泽东处汇报，毛泽东都要讲“八司马”如何、如何，你们“插黑旗”呀如何、如何。慢慢地毛泽东的气消了一些，就对杨尚昆说，以后汇报情况，你一个人来就行了。
不过，由于“黑旗事件”，杨尚昆和曾、刘三人都没有参加第七届中直党委。也由于“黑旗事件”，中直党委不再得到毛泽东的信任，工作十分困难。“黑旗事件”后，杨尚昆虽然不再兼任中直机关党委书记，但是作为中央书记处候补书记仍然要指导中直机关和中央国家机关两个党委的工作。这使毛泽东越来越不放心。1965年秋，根据毛泽东的意见，中直机关党委被撤销。
戚本禹出名
那时，戚本禹只是秘书室的一个科长，通过这件事就和江青挂上钩了。1961年他写了一篇文章，题目叫《关于调查研究的调查》，受到毛泽东的重视，印发给全国各级党委讨论。后来他又写了批判李秀成的文章，俨然成了历史学家。“文化大革命”开始后，又一跃成为中央文革小组成员。
这里还有一个插曲。据说因为戚本禹坚持要划中办原秘书室主任为右派，曾和刘华峰或中直党委的什么人吵过一架，态度很坏，为此曾三讲过他主张开除戚本禹的党籍。毛泽东就抓住曾三这句话，说你们动辄就整“左”派。杨尚昆说，提出开除戚本禹党籍的只是曾三的个人意见，并没有提到党委会上讨论，不算是罪名，如果算，也只能是未遂罪。毛泽东就狠狠地批评杨尚昆，说什么叫未遂罪?不是有过一个准备炮轰天安门，暗杀中央领导人的反革命案件吗?你总不能说那个反革命分子是未遂罪嘛!
十一届三中全会以后，在“黑旗事件”中受到党纪处分和在政治鉴定中被指为思想右倾、立场不稳的同志都得到了平反;中办秘书室原负责人被错划右派得到改正，恢复党籍和原工资待遇，重新安排工作，被任命为中共中央组织部秘书长。
