政社合一的人民公社体制解体后，我国农村步入了乡政村治的新阶段。经历了20世纪80年代初期的短暂繁荣之后，我国农村发展长期徘徊，各种问题叠加累积，“三农问题”迄今积重难返。随着城镇化的不断提速，乡村治理正面临着以下四大困境。
人口空心化虚化了治理的主体
我国农业不仅产业单一、就业吸纳力低，而且生产效率低、务农收入少，农业就业缺乏吸引力，所以大量农民离乡入城寻求新发展。由于农民进城务工既不能同工同酬，也不能享受同等的公共服务，出于经济的考虑，只能把部分妇女、小孩和老人（即俗称的“386199”部队）留在农村。因而随着我国城镇化的不断提速，农村人口空心化问题也日渐突出。留守的大量妇幼老弱病残人员，不仅无法承担起农业生产和乡村建设的重任，而且也实际虚化了村民自治。由于大量农村青壮年常年进城务工，很多农村地区不仅组织耕种收割等农业生产活动和农村基础设施建设困难，就连每年召开一次村民（代表）大会都成了问题。常年留守农村的妇幼老弱病残人员囿于身体、文化素质和年龄等原因，既无参与村集体活动的积极性，也无参与监督的可能。如此，村民自治既面临着主体虚化的现实，也面临着异化的危险。作为我国当前乡村治理的基本模式，乡政村治重在村治，所以农村人口的空心化客观上虚化了乡村治理的主体。
集体经济衰败弱化了治理的基础
1978年以后，随着农村家庭联产承包责任制全国范围的推行，政社合一的人民公社体制迅速解体的同时，先前举办的各类社队企业也大多名存实亡。上世纪80年代中后期曾一度异军突起的乡镇企业，及至90年代中后期则陷入发展困境，至今大多破产倒闭。当前，除少数资源丰富和一些城郊地区的村社企业发展较好、集体经济实力较强之外，大多数农村地区的集体经济基础甚为薄弱，乃至债台高筑。村社集体经济和乡镇企业的衰败，一方面直接导致吸纳就业减少，务工农民不得不远走他乡，农村出现人口空心化，另一方面也影响了村社公共基础设施和公共服务项目的建设。目前，我国农村基础建设资金的基本来源除开政府的不定期拨款和少数社会捐助外，主要依靠村社自筹。而村民享有公共服务的水平更是依赖于村社集体经济的实力。显然，在农村公共基础建设和服务项目未纳入政府公共财政支出保障之前，村社集体经济和乡镇企业的总体性衰败，无疑弱化了乡村治理的经济基础。
维权不畅加剧了治理的张力
改革开放以来，随着农民经济意识的不断增强，农民的权利意识也显著提高，维权行动明显增多。与此同时，农村各类矛盾一直呈上升趋势，尤其是土地纠纷明显增加。但是由于农民权益诉求和保障机制不健全、维权渠道有限且不通畅，很多矛盾不能在源头得到及时有效的化解，长时间累积集聚甚至发酵，最终酿成事端。尤其是，随着城镇化的加速，一些地方政府出于政绩和增加本级财政收入的考量，或依赖土地财政、大力征地卖地，与民争利，或盲目招商引资，牺牲环境和农民利益，导致农民与基层政府间的张力加剧，严重影响了农村社会的稳定与和谐。近年来各类农村群体性事件呈高发态势，官方统计数据逐年攀升，基层政府维稳压力剧增，维稳开支也逐年增加。由于农民权益受损而维权不畅，在农村税费改革及农业税取消后，我国部分农村地区再次出现了官民紧张的局面。
“苍蝇式”腐败侵蚀了治理的合法基础
当前农村基层腐败问题比较普遍，既有侵占、截留、挪用集体财产，贪污惠农资金、物资、征地补偿款，非法侵占、买卖农村土地、山林、荒山等集体资源现象，也有吃拿卡要、借大操大办敛财等现象，林林总总，不一而足。农村基层腐败虽然普遍，但大多涉案金额较小，基本属于“苍蝇式”腐败，而且很多时候和乡村人情世故掺杂在一起，加之乡村熟人社会和末端监督不力的原因，故一般既不为民众所举报也不为上级所重视，除非事情“闹大”。据访谈，农民对这种“苍蝇式”腐败既习以为常、熟视无睹，认为“哪儿都一样”，又内心深恶痛绝，抱怨上面不查不管。可见，农民对农村基层腐败的表面容忍，既是出于个人理性的考虑，又是基于现实无奈的反应，更多表现的是对乡村干部的失望和不信任。无疑，农村民众这种心理的广泛存在，正日渐侵蚀着我国乡村治理的合法根基。
