当前，社会正处于转型时期，社会组织与政府的关系正在发生巨大变化。这对社会组织自身的发展路径和发展模式有着重要的影响，亦对政府制定相关政策法规并管理社会组织具有深刻的意义。十八届三中全会明确提出“要加强基层社会管理和服务体系建设，增强城乡社区服务功能，充分发挥社会力量参与社会管理的基础作用”，为社会组织的发展指明了方向。
随着社会组织承担起部分公共物品的供给，并承接在政府职能转变过程中剥离出来的不属于政府的职能，社会组织与政府之间的关系也在发生很多变化。
按照社会组织与政府关系的紧密程度依次减弱排序，社会组织与政府的关系主要存在三种模式：
第一，父子模式。这是社会组织与政府关系中最为亲密的一种模式。这一模式中的社会组织又可以分为两类：一类是行业协会类组织，另一类是枢纽型社会服务类组织。前者的独立性更强，后者的独立性较弱，对政府的资金和政策有很高的依赖性。由于与政府关系密切，这一模式下的社会组织会受到政府更多的关注，资金和政策优势明显，在社会管理、社会服务上发挥着重要的“枢纽”作用，活动空间也比较大，但是具有自主性差的弱点。
第二，依附模式。这类社会组织虽然不是直接从政府内部产生，却是在政府的密切关注或直接扶持下产生的，其工作也主要是承担政府赋予的某些社会公共服务职能。这类社会组织就整体规模而言相对较小，只能依附于政府来发展自身，脱离政府后能否独立生存还存在不确定性。这一类型的组织虽然能够得到政府在政策和资金上的支持，但是难以寻求与政府的合作机会，在与政府的互动中会遇到政府部门不太理解和支持的情况。
第三，独立模式。这种模式的社会组织具有较强的独立性和自主性，与政府的关系相对松散，没有政府的直接注资，政策性优待也非常有限。这类模式的社会组织与政府的互动关系简单地说就是“政府出钱、社会组织出力”。这一模式与依附模式的明显区别在于它的灵活性。依附模式中社会组织的活动范围往往受限于其所依附的政府的管辖范围，比如某社区某某协会、某区某服务中心等等，很难有机会、有能力突破这一范围。但是独立模式中社会组织的活动范围则广泛得多，它们往往跨地区活动，并承接不同级别、不相统属的政府购买服务项目，从而降低了自身在社会管理方面的成本投入。从资金来源看，依附模式的经费主要还是来源于政府，但独立模式的经费来源多元化，政府购买只是其中比较重要的一部分。
在党和政府的领导下，近年来社会组织已经成为连结党和政府与人民群众的桥梁和纽带，是我国经济社会发展中一支不容忽视的力量。但是，社会组织的发展还面临着巨大的挑战。
第一,社会组织的注册。社会组织注册是其合法参与社会管理和提供公共服务的前提。在实践中，很多“草根”社会组织因难以注册而被排除在外。社会组织的注册困难给它们参与社会管理设置了障碍。社会组织注册的困难主要体现在三个方面：一是难以找到“业务主管单位”。在实施四类社会组织直接登记管理制度之前，《社会团体登记管理条例》和《民办非企业单位登记管理暂行条例》都规定社会组织在注册时要先经过业务主管单位的审查同意。实践中，很多社会组织难以找到“业务主管单位”，原因主要有业务主管单位之间相互推诿、业务主管单位工作量大以及规避政治风险等。二是部分社会组织没有固定办公场所。《社会团体登记管理条例》第十条第三款规定，成立社会团体要有固定的住所；《民办非企业单位登记管理暂行条例》第八条第五款规定，申请登记民办非企业单位，要有必要的场所。但是在实际运行过程中，由于一些社会组织资金有限，办公场所问题一直难以解决。有一部分社会组织的办公场所是由他人捐赠或免费提供，还有一部分社会组织的办公地点至今没有着落。三是社会组织注册程序复杂，不合理因素尚存。社会组织的注册材料报审非常严格，包括对机构人员、办公场所、服务内容、机构规章制度的审核，尤其是对机构负责人、出资人的背景要进行深入、详细考察。但在实践中并没有一个相对客观且明确的衡量标准，一些社会组织感到无所适从。
目前，不少城市已经开始积极尝试降低注册门槛、简化注册程序，逐步实现社会组织“去行政化”。从政府角度来说，“去行政化”增加了登记注册的社会组织数量，而审查的重担又全部落到了民政部门肩上，大大增加了他们的压力，也需要人力物力财力的更多投入。因此，随着“去行政化”的逐渐实行，如何更好地发挥政府的作用是一个值得长期思考的问题。
第二,社会组织的运行与管理。首先，社会组织专业人才的管理。目前非营利性社会组织普遍面临着专业人才短缺的现象，主要体现在两方面：一方面是社会组织对人才的吸引力不足。除了相关专业如社会学、社会工作专业的学生，大多数人对于社会组织的认识止步于公益事业，而目前中国的公益事业所具有的可信度和发展前景还远远不足以为社会组织的运转提供足够的人力支持。另一方面是社会组织人才流失严重。目前大多数社会组织依赖于志愿者而非固定工作人员。志愿者队伍的不稳定性造成了社会组织的发展缺少传承性，也缺乏固定的具有长期经验的高素质人才。其次，社会组织参与政府购买。“政府购买”是指政府将原来直接提供的公共服务事项，通过直接拨款或公开招标的方式，交给有资质的社会服务机构来完成，最后根据中标者所提供的公共服务的数量和质量，来支付服务费用。政府购买社会组织服务是一种新型的政府提供公共服务方式。
政府购买社会组织服务是转移政府职能、构建服务型政府的重要途径。但从目前的实践来说，政府购买社会组织服务的范围以及申请资格都亟待扩大，各项政策也需要进一步完善，以便让更多的社会组织能够更好地参与进来。
第三，社会组织的财务独立。目前社会组织的财务独立困难主要表现在以下两点：一是部分社会组织与上级主管单位之间财务难以独立，甚至多个社会组织共用一个财务账号。这类问题多涉及社会组织的历史问题及现实处境，一时较难以解决。二是部分社会组织对政府资金依赖性强，很难做到财务独立。社会组织对政府资金的依赖在一定程度上体现了政府对社会组织发展的扶持和促进，但这样的资金来源结构损害了社会组织的自主性和独立性，而且面临着资金可持续性的风险，从长远来看并不利于社会组织的健康发展。目前，获得政府资助和保持专业独立性是社会组织发展中面临的两难选择。
第四，社会组织的税收。税收政策对社会组织的发展有着重要影响。我国的税法对非营利组织（而非针对社会组织）规定了一定的税收优惠政策。例如《事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法》以及其他相关税法规定，社会团体取得的各级政府资助；社会团体按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；社会各界的捐赠收入等，可以享受免税政策。非营利性科研机构从事主营业务收入按有关规定免征企业所得税，非营利性科研机构从事非主营业务收入用于改善研究开发条件的投资部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额。我国营业税税法也规定，社会团体收取的会费，非营利性科研机构从事技术开发、技术转让业务和与之相关的技术咨询、技术服务所得的收入等可以免征营业税。
非营利性社会组织的运作资金主要来源于政府资助（政府直接注资或政府购买服务）、会费和社会捐赠，除了政府直接拨款资助外，税收优惠是政府对社会组织最有力的财政支持。但是，在实践中，社会组织很难申请到税收优惠资格，而征收政府购买服务项目的税款对于本就缺乏资金来源的社会组织来说无疑是增加了不小的负担。
目前，社会处于转型时期，社会组织首先要得到政府的认可才能获取更快的发展，因此，如何把握社会组织与政府关系的“度”，是进一步转变政府职能和改革创新社会组织管理制度，进而形成现代社会组织体制所要解决的重点和难点问题。
正确把握社会组织与政府的远近亲疏。当前社会组织与政府的关系，如前面分析的三种模式：父子模式、依附模式和独立模式。这三种模式能够反映出社会组织与政府关系的远近亲疏，而与政府关系的紧密程度又涉及社会组织生存和发展的生态环境。处于政府关系距离标尺不同刻度上的社会组织，在发展中呈现出不同的特点并面临不同的困难。相比而言，与政府关系密切的社会组织在政策支持方面具有显著优势，发展中遇到的困难相对较少也易于解决；而与政府关系疏远的社会组织，从注册到发展中都会遇到更多的困难。这种现状使得一部分社会组织在竞争中天然处于劣势，在一定程度上损害了社会组织之间发展的公平性。
解决好社会组织的资金困境。资金问题不仅关系到社会组织提供社会服务的能力，更值得注意的是，它是吸引和保有社会组织发展所需专业人才和高层次人才的重要因素之一，这一点直接关系到社会组织的前途命运。政府直接注资当然可以解决一部分资金问题，但这种方式会损害社会组织自身的造血功能，使其丧失独立性甚至不断追求自我完善的动力和创新能力，从长远来说并不利于社会组织的发展。解决社会组织的资金困境有两个途径：一是开源，二是节流。从政府角度来看，目前“开源”最有效的方式是加大政府购买的力度，拓宽政府购买服务的范围，通过公开竞标的方式让更多的社会组织能够参与进来，在公平竞争中调动它们的积极性，促使它们不断完善和正规化。同时通过宣传提高社会公益事业的公信力，鼓励社会捐赠，并在政策上予以扶持，为社会组织创造良好的发展环境。“节流”的方式主要是通过税收政策。正如前面所分析，税收给非营利性的社会组织增加了不小负担，因此，税收政策应该采取灵活变通的形式，根据社会组织的实际情况，针对不同类型的社会组织施行不同的税收政策，这一点对于缓解社会组织的资金困境也颇有裨益。
政府要提高服务意识，转变管理方式。随着政府职能转变与社会组织的“去行政化”，如何更好地发挥政府的作用成为当前面临的突出问题。在建立四类社会组织直接登记管理制度之后，社会组织与政府的对接问题甚嚣尘上。尤其是独立模式中的社会组织，日常工作很少能与相关职能部门接触，遇到问题时与政府的沟通平台缺失，加上登记制度放开后社会组织的注册数量增加，给相关业务部门造成了比较大的压力，出现了一些部门服务态度恶劣甚至“踢皮球”的现象，从而给社会组织的发展设置了重重障碍。这些问题需要通过服务型政府的建设来解决。正确认识政府自身，正确对待政府与社会的关系，寓管理于服务之中，积极转变政府职能，是实现服务型政府的前提。在政府权力下放的同时，可以建设社会组织服务机构，为社会组织搭建咨询和服务平台；大力发展枢纽型社会组织，形成以枢纽型组织为基础的社会组织网络化管理体系，并承担本领域社会组织的培育孵化功能。通过这种方式，可以把政府部门的直接管理变为间接管理，把各业务主管单位的分散管理变为集中有序的管理，很大程度上弥补了政府管理不足的缺陷。
此外，在社会组织的发展过程中，除了与政府的互动机制对其产生的重大影响外，与服务对象的动态关系也是推动社会组织发展的重要因素。因此，建立健全对社会组织的长效评估考核机制（如第三方评估和服务对象评估等），对促进社会组织的发展同样重要。
