中国智库体系建设已成为社会上的热点话题，很多讨论都聚焦于如何加强政府和智库间的联系等问题。例如：有人提出应完善“影响力”渠道，就是为了智库能够更加顺畅地向决策者输送政策建议提供便利；有人提议要建立“旋转门”机制，就是为了加强政府官员和智库专家间的人员流动；有人提出要加强“政府数据公开”和“政府信息平台”建设，就是为了让智库能够掌握更全面的政府数据，以便智库更好地研究公共政策问题。
但是，很少有人提及智库体系中另一类重要的组织——研究基金的作用。在智库体系中存在着三类核心组织，政府、智库、研究基金。政府在智库体系中处于思想产品需求者的地位，智库处于思想产品提供者的地位，而研究基金则提供了智库赖以生存的资金需求。有时候政府既是思想产品的需求者，也是研究基金的提供者。在政府咨询课题中，决策者向智库专家委托研究任务，同时拨付咨询研究的经费。但在更多的情况下，政府与研究基金是相互分离的。政府接受各类决策咨询报告，但并不直接支付给咨询报告提交机构研究经费；研究基金提供了各类智库开展决策咨询研究所需的经费，但一般不直接应用智库的政策思想。从更一般意义上理解，政府、智库、研究基金三者代表了“政治”“知识”“资金”三个不同的公共领域的关系。此三个公共领域之间既应该保持一定程度的相互独立性，又应该保持密切联系。也就是说，它们之间既要有划界，又要有跨界。
作为资金领域的研究基金在智库体系建设中的作用值得我们深入研究。一方面，研究基金组织通过编制项目指南将政府决策者的知识需求“翻译”并分解为具体的科学研究问题，再通过复杂的项目申请和科研管理程序，实现与智库专家之间的委托代理关系。另一方面，这些研究基金又建立起了和政府决策者的建议渠道，通过各种形式将专家意见直接输送给决策者。同时，研究基金已经越来越重视决策者对专家意见的采纳与否，并以将其作为对科学研究成果进行评价的参考标准之一。
近年来，党和政府在公共决策中对科学知识和专家意见的需求不断增长，各类研究资助基金在支持学术研究的同时逐渐拓展出决策咨询的职能。1997年起，自然科学基金委设立了管理科学部主任基金应急研究项目，专门就经济、科技、社会发展中的一些重大管理问题进行短期应急研究，为党和政府高层科学决策及时提供应用性的政策建议。自然科学基金管理科学部主任基金的申请说明明确指出，该类项目的主要目标就是提供切实可行的政策建议，而不是基础科学知识的创新。2009年起，国家哲学社会科学规划办公室设立了《成果要报》制度，向社科界专家学者征集针对党和国家所面临的重大现实问题的分析和对策建议，供决策部门参考。其他还有科技部国家软科学研究计划的《软科学要报》制度，教育部社科规划项目的《专家建议》制度，中国科协设立专门基金资助政策研究类课题，并设立了《科技工作者建议》专报制度等等。这些研究项目及其内参制度的创立是具有标志性意义的，它意味着研究基金已逐渐发展出连接政治与科学两大公共领域的“边界组织”的功能。
同时，随着我国非公募基金的迅速发展，一些民间基金会也开始资助政策研究。当然，其资助规模和资助力度都不能与官方的研究基金相提并论，但也已经初具规模。非公募基金改变了研究基金全部依靠国家财政的局面，是政府投入的有益补充。
研究基金有时候也身兼“智库”的职能。研究基金可以自己设计研究主题，动员自己的组织力量开展政策研究，并借助渠道向决策者提出代表研究基金自己的政策想法。例如，半官方的中国发展研究基金会，于2011年2月向国务院提交了两份关于中国贫困地区学生营养状况的调查报告，引起国务院领导重视。随后，在政府、基金会、社会组织、媒体、公众、捐赠人各个阶层达成的广泛共识的基础上，国务院决定启动160亿元“营养膳食”计划，以改善贫困地区学生的膳食状况。
可以说，研究资助机构已经在原来单纯资助学术研究，鼓励探索创新的基础上，发展出了参与政策研究、提供政策咨询的崭新职能，从而成为了连接和沟通科学领域与政治领域双方的桥梁。而且，研究资助机构通过发挥政策咨询职能，成为了公共决策过程中的重要参与者之一，多年来为党和国家高层决策提供了重要的政策参考。
研究基金发挥政策咨询功能具有很多优势。对于政府组建的研究基金来说，首先，作为全国性研究活动的资助单位能够广泛联系和调动科学家建言，能够组织跨地区、跨学科的综合性研究，解决复杂的政策问题，提出高水平的政策建议。其次，与国家高层决策部门之间的天然关系使得这些机构与决策部门之间有着成熟畅通的沟通渠道，能够直接将政策建议输送至相关部门，甚至直达最高决策层。再次，政策研究项目的申请制度有利于建立竞争性的政策分析市场。对于国内民间公益研究基金来说，作为政府投入的有益补充，有助于建立多元化的研究经费输入机制，促进中小型智库的发展。
最近，中共中央办公厅、国务院办公厅联合印发了《关于加强中国特色新型智库建设的意见》，指出要健全竞争性经费和稳定支持经费相协调的投入机制；根据不同类型智库的性质和特点，研究制定不同的支持办法。落实公益捐赠制度，鼓励企业、社会组织、个人捐赠资助智库建设。鉴于此，加强研究基金建设，发挥研究基金在智库体系中的作用，已成当务之急。从研究基金自身来看，无论是官方的还是民间的，都应积极投身推动中国特色新型智库体系建设的事业之中。从制度环境来看，政府应通过落实公益捐助优惠制度、简化公益研究基金注册登记程序等，引导与鼓励企业家、社会组织和个人，以公益捐赠方式将民间资本注入公益研究基金，帮助中国智库建设与发展，推进国家重大决策的科学化与民主化。
