智库在公共政策中所肩负的角色是特定的政治制度的产物。通过比较西方政治外部多元主义和中国政治内部多元主义制度，我们可以明确，中国未来智库建设之路不能完全跟随西方（尤其是美国）的道路。
首先，新型智库建设走的不是“反对派”路线，智库的主要目标是帮助政府和社会改善特定领域的国家和社会治理的效能，其工作的重心是提供基于实证政策研究而提出的政策备选方案，对政策的实施效果进行科学化的评估，帮助纠正政策在执行层面出现的偏差。在政治体制不变的情况下，各种类型的体制内的智库的角色不会发生很大的变化。但即使是民间智库也不会挑战现有政权，更不会成为政治反对的力量。这不仅仅是因为不被容许，而是政府主动去建设民间智库，其中的目标就是为了消除那些挑战政府的力量，包括反对派。
民间智库远离权力中心，而接近社会，理解社会现实，它们更能为权力中心提供有效治理社会的方案。或者说，较之体制内智库，民间智库具有较高程度的自主性和自治性，它们可以“独立”地以自己的专业主义来完成政策研究，而这种“独立性”则是保障民间智库优于体制内智库。同时，这也说明了民间智库不可盲目地和体制内智库进行竞争，因为体制决定了民间智库不可能获取体制内智库能够获取的资源、管道等。如果民间智库简单追求体制内智库所追求的目标，那么就很难有成就。反之，如果民间智库能够充分利用自身独立和专业主义的优势，那么就可以生产出体制内智库所不能生产的知识产品，从而对政策产生巨大的影响力。
其次，新型智库建设不能走“完全市场化路线”。一旦将智库完全推向市场和社会，由市场和社会提供资金来源，智库很容易像美国发生的情景一样被强势利益集团所俘获，成为政策游说的工具。西方的确存在着一个思想市场，理论上说，这个市场对谁都平等。但正如经济市场上不同的经济角色不可能得到平等的地位一样，在思想市场上各个智库也不可能有平等的地位。并且在经济市场上，西方确立了诸如“反垄断法”那样的减少不平等的机制，但是在思想市场上不存在任何这样的机制。西方的思想市场基本上仍然是一个资本主导的市场，强势资本决定了智库生存和发展的命运。中国的政治体制决定了思想内部市场不可能完全由市场来主导，具有自主性的政府可以根据其政策需要的考量来筛选内部思想市场上的产品，而不受一个或者几个特殊利益集团的挟持。
再次，新型智库建设也不能走旧的“依附型路线”。即智库的发展仅依靠一个个围绕在特定领导人周围的智囊获取资源，甚至沦为政治的宣传机器或领导决策的传声筒。中国要有属于自己新型智库建设的路线图，这就是如何在一党主导下的内部思想市场中保证各个智库机构能够自主独立地展开政策研究，并在一个相对公平的环境下在政策过程中展开竞争。这就要求在新型智库和党政机构之间确立边界，适当把政策研究和决策分离开来。这不仅仅是为了智库的相对自主性（至少对高校、党校和社科院系统智库而言）或者独立性（对民间智库而言），而且也是为了决策的科学性。
同时，要通过制度设计使智库成为架接学术研究、政策实务和社会关切的桥梁，成长为开放的一党主导制度中连接国家和社会间重要的政治关联力量。客观地说，很少有智库可以自称为中立的，因为所有智库都必须受制于其所处的政治制度，但智库是可以实现独立的价值的，即研究人员在免受外在力量干预的情况下以专业知识完成政策研究任务，供决策者参考。
中国共产党要在不断制度化与其外部利益的关系的过程中来实现领导权，但这种领导权的确立过程也可能脱离整合各方政治社会力量利益的趋向，转为侧重于制造各方对政治权力的单向面服从。在不改变现行智库的组织结构的情况下，政府通过加大公共财政推动智库建设运动，是否真的能提高公共政策研究的质量，进而提高公共机构决策的科学性和民主性，还是说进一步使得研究者更加依附于党政机构，服从决策者的政治指示或政策预期，值得进一步观察。
新型智库的建设主张可以说是对当前过于封闭过度重视官僚系统利益的决策体制的回应，通过发展智库尤其是民间智库这一新的社会组织，撬动中国知识生产和决策体制的改革。无疑，这也从属于中国总体政治改革的一部分。在作者看来，中国政治改革包括三个方向——持续地开放、更多元的竞争和更广泛公共参与。这三个方向同样适用于中国新型智库建设。如前所述，自由市场路线的美国智库发展经验很难全盘适用于中国，而更重视多元利益比例代表的协调型国家的经验，如欧洲的德国和亚洲的新加坡等地的经验更值得借鉴。德国和新加坡智库的资金来源也大都是由政府提供的。公共财政占主导作用的好处是在于避免智库被特定利益集团笼络和挟持。但是，为了防止政治和官僚权力对智库研究的过度干预，这些国家通过制度化的方式规定了公共机构和智库间的权利和义务关系。
可见，中国要保证智库建设中智库研究的独立价值，在制度化的过程，要将财政拨付和项目委托中出现的契约关系设计成政府和智库间相对对等规约条文，避免智库成为现时单方面智库建设政策的执行者，成为政府资源俘获的对象。智库很难中立，中国的智库必然倾向于站在中国的立场，为这个国家的政府提供服务，但同时他们也有权利要求政府公开数据和了解政府内部实际运作状况，更有不依照官僚理念改变研究主张的独立性。
这就要求设置能够保证智库进行独立研究的制度机制，即在政治和智库之间确定一定的边界；在政策决策体制中，将政策研究、决策和执行分开，并尽可能地在研究领域尽最大的努力，吸纳各方面意见。在智库内部治理上，要对过度官僚化的管理制度进行修正，通过引入理事会、同行评价、利益相关者评价制度，通过引入人才市场机制打破研究人员终身制等来保证智库的运作效率。
中国的智库受制度和历史的塑造，组织形式有机关部门、事业单位、高校系所和非营利部门，并且因它们组织制度的差异，它们在研究取向上也有不同侧重。若要实现不同系统的智库能在同一个平台上对话与竞合，就要尽量弥合不同类型智库间的信息鸿沟，打破学科藩篱和组织系统间界限，实现跨学科和跨部门间的合作。
智库建设更重要的是要打破国家对信息的垄断和官僚部门间的信息壁垒，使智库能对真实的政策过程有更深度的介入，通过开放更多的政策表达渠道实现政策观点的竞争。通过开放官员和智库研究者的双向“旋转门”实现事务界和知识界的交流，将技术官僚旋转到智库担任职务从事相关专业研究，作为选贤任能制度其中一个考察条件。
中国智库建设要利用国家能够超然于任何一个既得利益的制度优势，国家智库建设投入需要兼顾支持弱势群体的研究，保证多元的利益声音不以其能力的强弱都能反映在政策研究中。只有在政治过程和政策过程充分公开的环境下，不同智库的研究才有可能兼顾官僚部门、政策目标群体和相关方、社会大众和专家等行动者的利益和理念，通过这种途径生产出来的知识产品才能真正促成思想市场，服务政策决策。中国通过产品市场的混合所有制改革实现了经济腾飞，现在也需要建立起思想市场的混合所有制来促成可持续的国家和社会繁荣。
