在不同发展阶段对应的要素禀赋结构，以及由此内生出来的最优的产业结构、最优的金融结构，其他一系列结构都可能是不一样的，所以对应的政府最优的政策也可能是不一样的。我们必须把发展的阶段性和各种经济结构的内生性和它的动态演化性都充分考虑进来。
发展与制度改革并行
新结构经济学强调的思路首先是看一个发展中国家自己有什么，禀赋是什么，潜在的比较优势在哪里，然后再考虑在现有的资源制度条件下，怎么样能够降低交易成本，使得潜在的比较优势发挥出来。
在这个过程中，我们先以点带面，让经济开始发展起来。一旦经济发展了，政府的收入也就提高了，这个时候老百姓解决了温饱问题，对于新产品新服务的需求，对于各种民主权利的需求也会逐渐增强，进而引发进一步的制度的优化与改革，经济发展和制度改善同时进行，使得百姓的福利一直不断地提高。
新结构经济学所追求的终极目标与现在主流发展经济学是一样的，最后都是希望能够达到一个经济繁荣、老百姓都充分享有各种权力的理想状态，但是我们主张一边发展一边进行制度改革，这是新结构经济学的改革视角与政策视角。
“有效市场”在经济学里是一个广泛被接受的概念。简而言之，如果一个市场是有效的，那就意味着通过价格信号和价格体系就能使得资源配置达到帕累托有效。
而“有为政府”，这是大家争论比较多的。什么叫“有为”？在我看来，如果全集是政府可以做的所有事情，那么去掉“乱为”和“不作为”这两个集合，剩下的补集就是有为的集合。我们看到批评“有为政府”的一种经常的做法是从中国拿出来一个政府“乱为”的例子。“有为”、“乱为”、“不作为”之间的界限的确需要根据不同的具体的情形、具体的问题来做具体的分析。
所以有效市场和有为政府，在新结构经济学的理论范畴中，都是目标与理想概念。并不是说现实中的市场就一定是有效的，现实中的政府就一定是有为的。
如果现实市场它并不有效，那么我们就需要做市场化的改革，使得这个市场能够趋近有效。如果现实政府不是“有为”的，而是“乱为”或者“不作为”，那我们就要考虑政治体制改革，使得政府尽量的减低“不作为”和“乱为”的概率，促使它能够多做一些有正面意义的事情。
如何讨论产业政策
产业政策的定义就是政府有意识地去影响产业发展的一种非产业中性的政府干预。对新结构经济学和对新结构经济学视角下的产业政策一些常见的误解需要着重澄清。
第一个误解，是认为我们强调“有为政府”就是无限制地鼓吹要做大做强政府，就是一个反市场改革的口号。
“有为政府”的定义中已经明确指出，它其实是有改革含义的，所倡导的也是能够发挥因势利导作用的政府。
第二个误解，就是认为新结构经济学在研究产业政策的时候假设这个政府是一个先知先觉的政府，是一个比市场更聪明的政府，而这个假设是不成立的，所以新结构经济学的整个理论基础是错的。
必须强调，新结构经济学从来没有假设政府是一个比市场更聪明的政府。新结构经济学只是假设政策制定者与执行者是理性的，是能对激励机制作出反应的。
此外，误解者批评说新结构经济学的理论假设市场是有效的，政府是有为的。我们从来都没有把这两个作为新结构经济学的基本假设，相反，我们一直说这两个都是奋斗的方向与应然目标，而非对现实的评价与实然描述。
具体该怎么样去建设有效市场？需要市场化改革。怎么样建设有为政府？需要政治体制与政府治理改革。所以这两者本身都带有强烈的制度改革的含义。
另外非常重要的一点，我们希望的是新结构经济学在讨论产业政策的时候，或者说讨论整个理论体系的时候，建立一个比较一般化的具有国际视野的体系，并不是只关注中国的经济学。
比如说有为政府，如果放眼全球，看看过去50年世界各国的经济增长，我们会发现，非洲的很多国家最大的问题不是计划经济的问题，不是政府干预过多的问题，而是政府过弱的问题，国家能力（state capacity）太弱的问题。
T·偑尔松、蒂姆·贝斯勒等著名经济学家把国家能力的概念从政治学引进来，发表了一系列重要的文章。那些地方很多是政府都没有能力维持基本的竞争环境，提供基本的公共服务。
对于这种类型的国家，我们如果反思有为政府，是不是有些不一样的政策含义，还是说对这些国家也要强调有限政府？我们不能在讨论有为政府、有效市场的时候，眼睛只盯着中国，脑海里只有当下的中国，不看它的普遍性的学术含义，不允许相关研究者在发展理论的时候提出一般化的理论概念。
