1949年以来，大陆与台湾分别运行在不同的发展轨道上，在政治、经济、社会等领域各具特色，也造成两岸在这些领域的现实差异。无论是台湾方面强调的“求同存异”，还是大陆方面提出的“聚同化异”，共同点就是大家都承认差异的存在，然后才是如何处理这些差异。
价值观是一个社会运行的精神法则，两岸在若干价值取向上也存在明显差异。事实上，两岸因在某些价值取向上的差异过于明显，甚至可称之为价值冲突。其中最突出者有三组：统一与拒统、和平与战争、民主与专制。以下分别论之。
统一与拒统
这是针对两岸关系发展的根本目标而言。实现两岸统一是1949年以来大陆一直追求的国家战略目标，“两岸统一”长期以来一直是、在可预见的未来仍将是大陆社会中极其重要的主流政治价值。台湾方面，在两蒋威权统治时期，“两岸统一”也曾是台湾社会的主流政治价值。但从1990年代中期起，随着台湾主体意识的崛起，这种状态开始发生改变。如今，“两岸统一”的政治价值在台湾社会已被边缘化。
根据台湾多家媒体多年来的跟踪调查，目前台湾民众明确支持两岸统一者只有大约10％，支持台独者约为25％，希望维持现状者约为60％。因此，说“台独已成台湾社会的主流价值”或许会有争议，但拒绝统一毫无疑问已是台湾社会的主流民意。大陆追求两岸统一的政治价值与台湾社会拒统的主流民意之间，就不仅仅是“差异”了，更是一种价值冲突。
和平与战争
这是针对两岸追求各自战略目标的工具而言。1949年后，大陆长期把武力解放台湾作为实现两岸统一的首选工具。1979年后，大陆为因应国家大战略的调整，提出“和平统一，一国两制”主张，实际上把和平交流与协商谈判作为实现两岸统一的首选工具。2005年首次“胡连会”后，大陆更提出“两岸关系和平发展”的对台工作指导思想，意图通过两岸关系和平发展实现国家统一。
台湾方面，在两蒋统治的大部分时期里，也曾主张武力反攻大陆以统一中国。但到1970年代后，随着两岸实力差距越来越大，台湾以武力反攻大陆的现实可能性越来越小。时至今日，不仅拒统已成为台湾社会主流民意，和平同样成为台湾社会的主流民意。对战争的恐惧甚至战胜了对“台独”目标的追求，使得某些本来主张“台独”的民众在公开表态时宁愿选择“维持现状”。
近年来，随着民族主义情绪上升，大陆社会主张武统的声音越来越大。带有明显民族主义色彩的环球网（其母体是《环球时报》）曾于2016年4月进行过一次两岸关系民意大调查，其中支持武统者高达86％，而认为武统有胜算把握者更高达95％。这对大陆当局迄今仍坚持的和平统一大政方针构成了挑战，很可能促使大陆更坚定地把武力手段作为解决台湾问题的“兜底型”工具。
民主与专制
这是两岸关系中最敏感的价值冲突。台湾社会经过30多年的民主化进程，已被西方国家公认为“民主政体”，全面普选、多党竞争、权力制衡、言论自由、依法治理等西方式民主的构成要素一应俱全。大陆在台湾舆论中的整体形象则被塑造成专制、言论受限、法治不彰等。许多台湾政客经常批评大陆不民主，甚至有人把大陆实现民主化作为开启两岸政治谈判的前提条件。
大陆官方舆论对台湾的民主制度更多持批评态度，认为其混乱、不成熟，存在选举绑桩、黑金政治、民粹主义、暴力议政等严重缺陷，尤其批评这种民主体制造成台湾民众国家认同的异化。大陆官方一再宣称将继续坚持和完善自己的“中国特色社会主义民主制度”，在政治上决不会走西化“邪路”。
在台湾社会内部，也有一部分民众对台湾民主表示厌倦或反感，对大陆的政治体制表示欣赏。但这部分人在数量上并不多，远未达到主流的程度。同样地，在大陆社会内部，也有不少人对台湾民主制度表示欣赏，认为它是华人社会最成功的民主试验。这种声音与大陆官方在这个问题上的定调相左，所以不可能出现在官方媒体中，但在新媒体和社会舆论中确实有一定的市场。
在上述三组价值冲突之外，也有一些派生性的价值冲突。这里择其二论之。
和平与统一
随着拒统越来越成为台湾主流民意，“和平统一已无可能”的论断在大陆越来越流行。更有人认为，拒统之所以成为台湾主流民意，根本原因就在于两岸和平。两岸和平越持久，拒统力量就会越壮大，统一就越不可能。要想实现两岸统一，就必须打破和平现状，以武力手段实现统一。如此，和平与统一之间就产生了价值冲突。
专制与统一
台湾统派力量可粗略分成两类。一类为“左统”，即支持以“一国两制”实现统一；另一类为“右统”，他们既反台独又反专制，主张“民主统一”。因此，在“右统”看来，专制与统一之间也存在价值冲突。
两岸关系是当代政治学研究的一个孤例，其复杂性不仅来自于领土主权、实力对比等物质层面，也来自于意识形态、价值取向等精神层面。上述几组价值冲突更增加了两岸关系的复杂性，也增加了两岸当局、特别是大陆当局的决策难度。
