从国家建设的角度看，即使经济改革的重点是针对政治和行政对经济干预过多的计划体制，国家机构的重新建设本来也应该是经济改革的重要内容。但在过去的三十年里，对于国家工业行政机构改革的重点始终放在精简、撤并上，却从来没有放在重新建设上。在市场经济就是“政府什么都不管”的错觉下，还形成了一种“意识形态”：政府的作用越小越好，政府的机构和人员越少越好。在本来就想放弃工业行政的条件下，中央政府从事工业行政的机构过小、人员过少。例如在被中国奉为市场经济楷模的美国，联邦政府的能源部有工作人员3万多人，而中国设在发改委的能源司不过30多个人（即使是成立了能源局，行政编制也仅为112人，包括35名司局级领导）；在工业和信息化部成立之前，设在发改委的工业司也不过二三十人，而中国却是世界上最大的正在工业化的国家。这种状况显然限制了中央政府的工业行政能力。
与力量不足同时并存的另一个问题是，中央政府执行产业政策的行政能力是分散的。在国家经委、国家经贸委相继被撤销之后，国家计委以及后来由此改名的国家发改委一直被当做吸收了工业行政职能的机构，但国家计委（现为国家发改委）的工作任务是在整个国民经济和社会发展的层次上，并非以产业发展作为主要任务，而且它一直是以政府系统（部门和地方）和项目为工作对象，从来不以企业为工作对象，着眼于宏观综合平衡的项目审批才是这个机构最核心的关注点。
直接影响企业（国有企业）行为的一个政府机构是国资委，它是在撤销国家经贸委的基础上成立的，变更的逻辑是以国有资产管理代替工业行政。但实际上国有资产管理代替不了工业行政，因为前者的金融逻辑与后者的产业逻辑是不同的、有矛盾的。金融逻辑把企业当成一组财务数字，关心的重点是“保值升值”和现金流的收入。产业逻辑是把企业看作组织能力的载体，关心的重点是能力的发展。从产业逻辑看，中国的骨干企业是中国工业化的知识积累，所以即使暂时遇到财务危机也不能轻易卖给外资。但从金融逻辑看，只要价格“合适”，企业就可以卖掉，哪怕购买者是外资。这就是为什么国有资产管理部门没有去阻止在 2005 年达到顶峰的外资并购中国骨干企业浪潮的原因。对于产业振兴规划或产业政策来说，产品结构的调整、核心或关键技术的突破、新兴产业的发展、产业链的形成等都必然是关注的重点，但它们却都不是金融逻辑所关心的东西。但是，虽然以资产管理代替工业行政的初衷是减少对企业的行政干预，实际上国资委已经演变成了一个国有企业的主管行政机构，它决定国有企业的设置和数量、国有企业的经营范围、国有企业领导人的任免等。于是，当中央政府需要实施产业振兴的政策时，惟一对国有企业握有人事任免权的行政机构并没有产业逻辑，却只有金融逻辑。
影响产业政策的还有其他部门，例如商务部和科技部等。科技部作为科技发展的主管机构，也理所当然地会影响企业的行为特别是在研发方面的行为，而且科技部也是直接支持高科技企业的机构。但在行政职能划分上，科技部并不管产业，所以它只能相当局部地影响产业升级进程。商务部是主管内外贸易的机构，从经济转型和产业升级的要求看也是最令人质疑的部门。由于商务部的主要权力来源和政绩之一是“利用外资”，所以这个部门为了保持和扩大自己的权力而成为坚持“引进”外资并给予外资优惠政策的提倡者，甚至为了能够吸引更多的外资而鼓励廉价卖掉中国的核心工业资产。
于是，中央政府领导经济转型和产业升级的任务分散于多个部门———发改委、工信部、国资委、商务部、科技部等。由于这个任务的综合性，由多个部门分担并不奇怪，奇怪的是这些机构中没有任何一个对此负有足够全面的责任并具有足够的能力去承担这个任务。这种“分散”状况导致所有的机构都是从各自的局部出发去工作，而且还往往伴随着机构之间的竞争和争夺，不可能不限制中央政府领导这场转变的能力。
