引言
应急管理体制是指应急管理机构设置及其隶属关系、应急管理权责划分以及为保证应急管理顺利进行而建立的一切组织体系和制度的总称。体制的内在核心是不同主体之间的权责配置，其外在表现是各级各类组织机构的设置。在应急管理体系的各个要素中，体制处在核心地位，“决定了应急管理体系的静态结构，规定了应急管理体系的潜在功能。”
国家应急管理体制是由各个层级、各种类型的实体性机构构成的。在我国，国家应急管理机构主要包括领导机构、办事机构、工作机构、地方机构、专家组等。其中，领导机构既包括各级党委政府，也包括以“委员会”“指挥部”“领导小组”等名义存在的各种常设性或临时性议事协调机构。国家应急指挥体制是指一个国家应对突发事件的组织领导模式，是一个纵横交错的网络结构。在这个网络结构中，领导机构处在最上层，起着组织决策、指挥调度等最关键的作用；以领导机构为纽带，党、政、军等不同权力系统之间以及应急管理、气象、水利、自然资源、生态环境、住房城乡建设、卫生健康、公安等不同部门之间建立关系，发生作用，从而构成了国家应急指挥体制的基本组织形态。
研究发现，受政社关系、经济结构和社会转型等因素的影响，一个国家的应急管理体制处在不断变动的过程中。对1976年唐山地震、2008年汶川地震、2013年芦山地震等典型案例的比较研究同样发现，新中国成立以来，随着经济社会发展和国家治理模式变化，我国的救灾体制不断进行调整变化。国家应急指挥体制作为国家应对突发事件的组织领导模式，无疑也会随着经济社会发展和国家治理模式变化而不断变化。特别是党的十八以来，以习近平同志为核心的党中央提出了一系列治国理政的新理念、新思想、新战略，这些新理念、新思想、新战略无疑会在很大程度上影响甚至决定国家应急指挥体制的变革走向。本文所要研究的问题是，改革开放以来特别是党的十八大以来，我国的国家应急指挥体制究竟经历了怎样的发展过程？在此过程中，国家应急指挥体制哪些方面发生了重大变化，又有哪些方面基本保持不变？本文选取2003年抗击“非典”、2009年防控甲流感、2020年应对新冠肺炎疫情三个案例进行比较研究，来揭示我国国家应急指挥体制的“变”与“不变”。
一、分析框架与研究方法
（一）分析框架
应急指挥体制的核心是权责配置。“在突发事件应对中，领导权主要表现为以相应责任为前提的指挥权、协调权。”在各个国家，立法、行政、司法、武装等不同权力系统在突发事件应对中都起着一定的作用。在我国，作为执政党的中国共产党发挥着领导核心的作用。有学者研究认为，我国独特的政治体制可以概括为“六权分工”——党中央的领导权、全国人大的立法权、国务院的行政权、人民政协的协商权、最高人民法院和最高人民检察院的司法权、中央军委的军事权。突发事件应对活动中的权责配置，主要包括上下两个层次：上层表现为党委、政府等不同权力系统之间的权责配置，可称之为“系统间关系”；下层表现为不同部门之间的权责配置，可称之为“部门间关系”。因此，对我国国家应急指挥体制的分析，重点可以从党政间权责配置和部门间权责配置两个层次展开。
1.上层：党政间权责配置——“间接型”与“直接型”
在我国的各种系统间关系中，党政关系最为重要。有学者指出，党政关系是“中国最基本的政治关系”,是“中国政治的主要问题和政治体制改革的核心问题”。在我国的权力结构中，六项国家权力基于职能相互分工；其中，党的领导统合是分工体制的基础。作为一种特殊的政治力量，党在我国的国家生活和社会生活中居于领导地位，是“当代中国政治体制的中轴”。党通过政治领导，在组织和意识形态层面深刻塑造并融入中国特色的政府体系，形成了一种集中统一的党政结构；这种中国特色党政治理结构的有效运行，被认为是我国经济社会发展取得世人瞩目绩效的重要原因之一。
在突发事件应对领域，这种中国特色的党政治理结构同样发挥着非常重要的作用——有学者认为，“党政结构是中国应急管理的内核和灵魂。因此，要研究我国的国家应急指挥体制构成，首先需要从党政关系出发，考察党政之间的权责配置情形。
根据领导方式的不同，党的领导可以分为直接领导和间接领导两大类。根据党在突发事件应对中的介入程度和作用方式，可把国家应急指挥体制中的党政间权责配置分成“间接型”和“直接型”两大类。所谓“间接型”，是指突发事件应对主要被确定为政府职权范围内的工作，属于行政性事务，应急指挥由政府总负责，党主要在“幕后”起着总揽全局的作用，不直接进行指挥。所谓“直接型”，是指党从“幕后”走向“台前”，直接负责突发事件应对活动的组织指挥，政府在党的直接领导下负责落实党所研究确定的重大决策部署。
通常，“间接型”国家应急指挥体制是一种“党委间接领导、政府直接主导”的体制，其基本运作模式是：由政府牵头应急指挥部或联防联控机制等某种形式的应急指挥架构，承担突发事件应对职责，党主要负责指导协调和重大事项决策等。与之不同，“直接型”国家应急指挥体制是一种“党委直接领导、政府具体负责”的体制，其基本运作模式是：由党直接成立应急指挥部或领导小组，负责突发事件应对活动中重大事项的决策部署，应急指挥部或领导小组的牵头人为党委负责人或由党委负责人和政府负责人同时担任；在党的应急指挥部或领导小组领导下，政府成立某种形式的应急指挥架构，负责贯彻落实党的应急指挥部或领导小组领导作出的重大决策部署，并做好突发事件应对的统筹协调工作。
2.下层：部门间权责配置——“紧密型”与“松散型”
无论是在“直接型”还是“间接型”国家应急指挥体制中，突发事件应对最终要由具体的党政部门来承担。党委和政府都是由不同部门组成的。政府内不同部门之间的关系被称为“政府部门间关系”。“政府部门间关系描述的是组织的水平结构，并且这种政府部门间关系的复杂程度远远高于央地关系，因而成为府际关系不可或缺的一部分。”
需要国家层面组织领导进行应对的突发事件，一般都是“跨界”的重特大突发事件，这些事件在发生原因、发展过程、影响后果等方面往往跨越不同地区、不同部门，产生连锁联动的效应。面对跨界突发事件，需要成立某种形式的跨部门应急指挥机构，整合党委、政府相关部门的资源，进行协同应对。这种跨部门的应急指挥机构，体现的是不同部门之间在突发事件应对中的权责配置情形。研究国家应急指挥体制的构成，既要关注党政之间的权责配置情形，还要考察不同部门之间的权责配置情形。
根据部门之间关系的松紧程度，可把国家应急指挥体制分为“紧密型”和“松散型”两大类。所谓“紧密型”，是指成立由政府负责人牵头的应急指挥机构，整合相关部门的力量和资源，形成一种以“命令——服从”为基本特点的管理模式。所谓“松散型”，是指由相关部门之间基于自愿和信任开展合作，形成一种相互协商的“共同参与”型管理模式。“紧密型”国家应急指挥体制以“应急指挥部”模式或“领导小组”模式为代表，其基本运作特点是：由政府牵头成立应急指挥部或领导小组，承担突发事件应对职责；指挥部由政府负责人任总指挥，下设若干工作组，相关部门整合进指挥部，在指挥部的统一领导、统一指挥下，开展统一行动；应急指挥部或领导小组的牵头人为政府负责人。“松散型”国家应急指挥体制以“联防联控机制”为代表，其基本运作特点是：由突发事件应对的主责部门牵头建立跨部门联防联控工作机制，相关部门作为成员单位参与其中；联防联控工作机制下设若干工作组，分别由相关部门负责人任组长，明确各部门的职责，成员单位相互之间分工协作。
3.国家应急指挥体制：一个基本分类
根据党政之间的权责配置和部门之间的权责配置这两个维度，可以把国家应急指挥体制分为四种模式（见图1）。
图1 基于权责配置的国家应急指挥体制分类
模式I：党委间接领导、部门联防联控。在党政间权责配置方面，党主要在“幕后”发挥指导、协调、督促、调查等间接作用，突发事件应对指挥工作由政府负责。在部门间权责配置方面，组成由主责部门牵头的跨部门联防联控机制，承担突发事件应对的组织协调工作。这种模式最典型的事例是2009年甲流感疫情。疫情发生后，中央有关部门建立国家联防联控工作机制，下设八个工作组和专家委员会，分工负责、协调配合。
模式II：党委间接领导、政府统一指挥。与模式I一样，在党政间权责配置方面，党主要起着间接领导的作用，突发事件应对指挥由政府负责。与模式I不同的是，在部门间权责配置方面，不是由主责部门牵头成立跨部门联防联控机制，而是组建由政府负责人牵头的应急指挥部，来负责突发事件应对的组织协调工作。这种模式最典型的事例是2003年“非典”疫情。疫情发生后，成立全国防治非典指挥部，由党中央、国务院、军队系统和北京市的有关部门和单位组成，下设10个工作组和办公室，办公室设在国务院办公厅。
模式III：党委直接领导、部门联防联控。与模式I和模式II不同，在党政间权责配置方面，党从“幕后”站到“台前”，对突发事件应对工作直接进行指挥决策，政府主要负责调度执行。在部门间权责配置方面，相关部门组成由主责部门牵头的跨部门联防联控机制，统筹协调开展突发事件应对工作。这种模式最典型的事例是2020年新冠肺炎疫情，党中央成立应对疫情工作领导小组，在中央政治局常务委员会领导下开展工作；国务院启动联防联控机制，落实领导小组决策部署，统筹做好疫情防控、医疗救治、政策协调、资源调度等工作。
模式IV：党委直接领导、政府统一指挥。在党政间权责配置方面，与模式III一样，由党直接进行指挥决策，政府负责协调调度。在部门间权责配置方面，与模式III由主责部门牵头组建跨部门联防联控机制不同，政府成立由政府负责人牵头的应急指挥部，进行统一协调调度。2020年抗击新冠肺炎疫情，部分省份实施的是这种模式。例如，四川省成立省委应对疫情工作领导小组，由省委书记和省长任组长；同时，成立省应对疫情应急指挥部，由省长任指挥长，“在省委应对新型冠状病毒感染肺炎疫情工作领导小组领导下，贯彻落实党中央、国务院关于应对新型冠状病毒感染肺炎疫情的重大决策部署，负责全省应对和处置疫情的具体组织、指挥和协调，依法、科学、规范开展防控工作。”
（二）研究方法
本文主要采取案例比较研究的方法，通过对典型案例的“深描”和相互比较研究，实现“从故事到知识”的目标。“案例分析的目标不是讲故事，而是产出知识”“案例分析可以提供的知识类型不止一种，比如解释（原因）知识、理解（特征）知识或规范（原则）知识。”案例比较研究是社会科学研究的重要方法，是应急管理组织的基本研究方法。
具体而言，本文选取2003年抗击“非典”疫情、2009年防控甲流感、2020年应对新冠肺炎疫情三个案例进行比较研究，来分析我国国家应急指挥体制的演变过程。选取这三个案例开展比较研究，主要是基于两点考虑。第一，这三个案例均为我国在过去20年间发生的重大传染病疫情，对同类事件进行比较具有“可控性”，有利于提高结论的可靠性。第二，在这三个案例中，国家应急指挥体制表现出显著的差异，在很大程度上可以揭示过去20年国家应急指挥体制的演化轨迹和未来可能的发展趋势。
二、案例比较：“非典”、甲流感、新冠肺炎疫情
2003年“非典”、2009年甲流感、2020年新冠肺炎疫情，是三起类似的重大传染病疫情。有必要对这三起重大传染病疫情防控过程中国家层面组织领导情况进行比较分析，找到它们之间的异同点，来反映我国国家应急指挥体制的演变情况。
（一）2003年抗击“非典”
2003年发生的“非典”疫情，是一场突如其来的严重传染病灾害。英文为“严重急性呼吸综合征”（Severe Acute Respiratory Syndrome，SARS），俗称“传染性非典型肺炎”，也称“非典型肺炎”，简称“非典”。从2002年11月1日到2003年7月31日，全球共有32个国家或地区共报告临床诊断病例8098例，死亡774例，病死率为96%。其中，我国内地24个省（区市）先后发生疫情，共波及266个县和市（区），累计报告临床诊断病例5327例，治愈出院4959例，死亡349例。“突如其来的非典灾害，严重威胁人民健康和生命安全，危害中国社会经济发展和对外交往。”
从3月底到4月下旬，面对不断肆虐的疫情，国家应急指挥体制连升三级。3月31日，卫生部成立了全国非典防治工作领导小组，下设10个工作组，实行集中办公和24小时值班制度，并要求各地成立非典防治领导小组。4月2日，国务院总理温家宝若无特殊说明，本文所提及的机构均为事发当时的机构名称，所提及的人员职务均为时任职务。主持召开国务院常务会议研究非典防治工作，会议决定成立以卫生部部长为组长的非典防治工作领导小组，负责指导全国的非典防治工作；同时，成立由国务院副秘书长牵头的部际联席会议，协调解决有关问题。
4月11日，国务院防治非典部际联席会议发出第一份联合公告。4月24日，全国防治非典指挥部成立。指挥部由党中央、国务院、军队系统和北京市的30多个部门和单位的人员组成，下设防治、卫生检疫、科技攻关、后勤保障、农村、宣传、社会治安、外事、教育、北京10个工作组和办公室，办公室设在国务院办公厅（见图2）。指挥部主要承担四项任务：一是贯彻落实党中央、国务院关于防治非典工作的决策和部署，统一领导、指挥和协调全国非典防治工作。二是核实各项工作预案，分析、研判疫情，提出紧急应对措施；组织、协调成员部门（单位），配合地方开展防治工作；帮助解决地方防治工作中遇到的实际问题。三是对各地防治工作进行指导、检查和督促。四是研究、处理其他有关防治非典的重大事项。
温家宝在指挥部成立会上强调，成立全国防治非典指挥部，“是党中央、国务院的重大决策，是加强非典型肺炎防治工作的重要组织保证。”“要加强领导，统一指挥，协调各方面力量，坚决打赢防治非典型肺炎这场硬仗。”4月28日印发的《国务院办公厅关于成立全国防治非典型肺炎指挥部的通知》（国办发［2003］35号）指出，“为了认真贯彻落实党中央、国务院关于防治非典型肺炎工作的各项决策和部署，加强领导，统一指挥，协调各方面力量，进一步加强非典型肺炎防治工作，国务院决定成立全国防治非典型肺炎指挥部。”
注：括号内为总指挥、副总指挥、办公室主任以及各工作组组长的人员职务。
资料来源：作者根据《国务院办公厅关于成立全国防治非典型肺炎指挥部的通知》（国办发［2003］35号）编制。
图2 2003年全国防治非典指挥部的架构
自成立后，全国防治非典指挥部召开十余次会议，就疫情防控的重大事项进行研究部署。例如，4月29日，研究部署加强北京及周边地区防治工作；5月14日，研究部署加强华北地区联防联控工作；5月29日，召开第10次会议，研究贯彻落实国务院第二次全体会议精神，总结指挥部成立以来的工作，分析疫情防治形势，部署近期工作；6月9日，召开华北五省区市第三次联防联控联席会议，小结、交流五省区市防治工作情况，分析形势，部署工作；6月26日，召开会议，强调北京实现“双解除”标志着我国非典防治工作取得阶段性胜利，但指挥部要督促、指导各地继续实施科学规范的防治措施，确保疫情不出现反复。7月18日，全国防治非典指挥部召开阶段性总结会议。温家宝在会前接见指挥部全体人员时说，指挥部全体人员认真贯彻党中央、国务院的决策和部署，为抗击“非典”作出了重要贡献；由于“非典”的病因病原研究还没有取得最终成果，治疗、防疫方面也没有重大突破，防治工作仍不可放松，指挥部要继续保留。
从党政间和部门间权责配置两个维度来看，2003年抗击“非典”的国家应急指挥体制，是一种非常典型的“党委间接领导、政府统一指挥”模式（模式II）。在党政间权责配置方面，党中央主要通过召开会议，听取汇报，作出重大决策部署等方式，发挥间接领导的作用，疫情防控的组织指挥由政府具体负责。在部门间权责配置方面，采取的是应急指挥部统一指挥调度的模式，全国防治非典指挥部由党中央、国务院、军队系统和北京市的30多个部门和单位的人员组成，由国务院分管副总理任总指挥，办公室设在国务院办公厅。
（二）2009年防控甲流感
2009年3-4月，在北美发现新的甲流感病毒，引起了21世纪的第一次流感大流行，疫情不到半年已经传遍全球。6月11日，世界卫生组织（WHO）将甲流感警戒提升至6级，并宣布全球进入流感大流行状态。2010年8月10日，WHO基于对疫情的评估，宣布取消六级警戒级别，全球甲流感进入“大流行后期”。
这次甲流感也影响到我国。2009年5月1日，我国香港发现首个病例；5月11日，四川报告了内地首例输入性病例。6月，疫情从航空、陆路等口岸较多的东部省份向内陆省份扩散；8月底至11月底，疫情呈快速上升趋势，以中小学校为主的疫情暴发大幅增加；在11月底病例数达到高峰之后，疫情呈下降趋势。进入2010年4月后，甲流感活动维持在很低的水平，流感暴发疫情也明显低于往年同期水平。截至2010年8月29日，全国内地累计报告甲流感确诊病例128万例，其中重症8349例（包括危重2785例），死亡805例。
面对此次甲流感，在国家层面，我国组建多部门联防联控机制，进行组织指挥。4月27日召开的国务院人感染猪流感预防工作机制会议，决定成立由卫生部牵头的多部门人感染猪流感联防联控工作机制。次日召开的国务院常务会议，把建立联防联控机制作为重点抓好的工作之一——“建立卫生部、质检总局、农业部及其他有关部门参加的应对人感染猪流感联防联控机制，分工负责、协调配合，做好预案准备，确保各项防控措施落到实处，提高防控效能。”5月1日，联防联控工作机制召开第二次联席会议，改为“国家应对甲型H1N1流感联防联控工作机制”，同时明确了联防联控工作机制及各组和专家委员会的职责和议事规则，建立全体成员和联络员会议制度。按照规定，原则上各工作组遇到的问题在组内解决，组内解决有困难的提交国家联防联控工作机制协调解决，其中一般性事项由联络员例会协商解决，重大事项由全体成员会议商定。
根据规定，国家联防联控工作机制的主要职责为：定期会商研判疫情发展趋势，研究确定防控策略；商定防控工作相关政策、应对预案和重大措施；统筹协调和指导各相关部门各地区落实各项防控措施，并组织对防控工作落实情况进行督导检查。在部门构成和人员组成上，由卫生部部长陈竺和卫生部党组书记、副部长张茅担任召集人，下设综合组、口岸组、医疗组、保障组、宣传组、对外合作组、科技组、畜牧兽医组八个工作组和专家咨询委员会（见图3）。各工作组组长、解放军总后卫生部、武警总部后勤部领导和专家咨询委员会主任为应对联防联控工作机制的成员，确定1-2名司局级干部作为联络员，负责日常联络工作。
图3 2009年甲流感联防联控工作机制的架构
5月4日，中央政治局常委、国务院副总理李克强在卫生部召开的甲流感联防联控机制专家座谈会时强调，要全面贯彻落实党中央、国务院的决策部署，发挥联防联控机制作用。据统计，自成立后，联防联控工作机制先后召集会议33次，研究制定和出台了诸多规定，采用会签的方式由甲流感联防联控工作机制下发各地执行；如地方在执行过程中遇到问题，则及时上报、请示国务院有关部门。
应对甲流感的应急指挥体制，是一种典型的“党委间接领导、政府部门联动”模式（模式I）。在党政间权责配置方面，党主要通过开会研究、作出指示、提出要求等方式，发挥间接领导作用；政府负责疫情应对的组织指挥工作，研究部署防控措施。在部门间权责配置方面，组成由主责部门牵头的国家应对甲流感联防联控工作机制，承担疫情防控的组织协调工作。联防联控工作机制由卫生部主要负责人担任召集人，下设八个工作组和专家委员会，解放军和武警也作为成员单位参与其中。实际上，参与突发事事件应对活动的部门，除了政府部门，有时还包括宣传等党的部门。为了行文方便，本文统一采取“政府部门”的表述。
（三）2020年应对新冠肺炎疫情
2020年初，一场新型肺炎疫情来势汹汹，疫情从武汉蔓延至全国，对人民群众的生命安全和身体健康造成严重威胁，对正常的生产生活产生明显影响，对全国经济社会平稳运行带来冲击。1月30日，WHO将疫情列为“国际关注的突发公共卫生事件”。“这次新冠肺炎疫情，是新中国成立以来在我国发生的传播速度最快、感染范围最广、防控难度最大的一次重大突发公共卫生事件。对我们来说，这是一次危机，也是一次大考。”
1月20日，国家卫生健康委牵头成立了应对新冠肺炎疫情联防联控工作机制，成员单位共32个部门，下设疫情防控、医疗救治、科研攻关、宣传、外事、后勤保障、前方工作等工作组，分别由相关部委负责人任组长。国务院副总理孙春兰连续多次召开联防联控工作机制会议，“深入贯彻习近平总书记重要指示批示精神，认真落实李克强总理重要批示要求和国务院常务会议部署，分析研判疫情形势，部署落实疫情防控各项工作。”
针对新冠肺炎疫情，习近平总书记亲自部署、亲自指挥，多次召开会议，多次听取汇报，做出一系列重要指示批示。1月25日（农历正月初一），中央政治局常委会召开会议，专门听取疫情防控工作汇报。会议决定，党中央成立应对疫情工作领导小组，在中央政治局常委会领导下开展工作；党中央向湖北等疫情严重地区派出指导组，推动有关地方全面加强防控一线工作。中央应对疫情工作领导小组组长为国务院总理李克强，副组长为中央政治局常委王沪宁。领导小组成立后，每隔几天召开一次会议，根据疫情形势有针对性研究部署防控工作。1月27日，孙春兰率中央指导组抵达武汉，从疫情防治、物资保障、督查、信息公开等不同方向展开工作，研究解决疫情防控面临的突出问题。
中央应对疫情工作领导小组成立后，原来由国家卫生健康委牵头成立的疫情联防联控工作机制也调整为国务院联防联控机制。与国家应对甲流感联防联控工作机制类似，国务院联防联控机制下设综合组、医疗救助组、医疗物资保障组、生活物资保障组、科研攻关组、专家组等工作组，就疫情分析研判、患者医疗救治、药品和物资供给保障、医护人员安全防护、市场供给保障、舆论引导、社会力量组织动员、维护社会大局稳定等问题开展联防联控。同时，国务院疫情联防联控机制向全国多地派出工作指导组（督导组），全面参与地方疫情防控工作，加强工作指导和督促，做好上传下达和联系沟通，研究解决防控工作中的突出问题。
由此，形成了一个中央应对疫情工作领导小组就重大问题进行研究部署、国务院联防联控机制负责协调调度的组织领导体制（见图4）。2月3日，习近平总书记在中央政治局常委会研究应对疫情工作时讲话指出：“中央应对疫情工作领导小组多次开会研究部署疫情防控工作，前方指导组也积极开展工作。国务院联防联控机制加强协调调度，及时协调解决防控工作中遇到的紧迫问题。有关部门各司其职，军队积极支援地方疫情防控。”
资料来源：作者根据公开资料自制。截止2020年3月14日，国务院联防联控机制下设工作组的情况未公开，本图所列为经查询媒体报道确认的工作组。
图4 2020年应对新冠肺炎疫情的组织架构
新冠肺炎疫情应对的应急指挥体制，是一种典型的“党委直接领导、部门联防联控”模式（模式III）。在党政间权责配置方面，党中央成立应对疫情工作领导小组，对疫情应对工作直接进行决策部署，政府主要负责落实党的决策部署，开展协调调度。在部门间权责配置方面，组建国务院应对疫情联防联控机制，各部门之间分工合作，协调开展疫情应对工作。
三、结论与讨论
实践表明，国家应急指挥体制不是一成不变的，而是处在动态发展变化中。从2003年抗击“非典”、2009年防控甲流感、2020年应对新冠肺炎疫情三起典型案例比较研究来看，在各种重特大突发事件的应对活动中，我国国家应急指挥体制是一个动态发展的过程。这个过程集中呈现出“变”与“不变”相互交织的特点，以“不变”为核心、“变”为补充。
所谓“变”，主要表现在两个方面：一是党在突发事件应对中的领导方式从“间接领导”转为“直接领导”。从党政权责配置情况来看，2003年抗击“非典”和2009年防控甲流感，主要由政府牵头进行指挥，党主要通过召开会议、听取汇报、作出重大决策部署等方式，发挥间接领导的作用。2020年在应对新冠肺炎疫情过程中，党中央直接对疫情防控应对进行指挥：习近平总书记主持召开中央政治局常委会全面部署疫情防控工作，成立中央应对疫情工作领导小组并向湖北等疫情严重地区派出指导组，统一领导，统一指挥。党的全面领导，还体现在对领导干部的调整和重大问题的调查方面。抗击“非典”期间，2003年4月20日，宣布免职的是政府和政府部门的主要负责人（北京市市长和卫生部部长）；在2020年应对新冠肺炎疫情期间，宣布免职的是党委的主要负责人（湖北省委书记和武汉市委书记）。在调查方面，新冠肺炎疫情发生后，经中央批准，国家监察委员会派出调查组赴湖北武汉，就群众反映的涉及李文亮医生的有关问题作全面调查；中央政法委组成调查组赴山东，就任城监狱新冠肺炎疫情情况进行调查。党在突发事件应对中从“间接领导”转向“直接领导”，实际上是党的十八大以来，以习近平同志为核心的党中央坚持和加强党的全面领导、把党的领导贯穿到治国理政全部活动中的一种具体体现。二是更倾向于采用跨部门联防联控机制，较少启动指挥部模式。从部门间权责配置情况来看，与2003年抗击“非典”时组建全国防治非典指挥部不同，2009年防控甲流感、2020年应对新冠肺炎疫情组建的是跨部门联防联控机制，由主责部门担任召集单位，相关部门作为成员单位，进行跨部门协调应对。
所谓“不变”，主要表现在两个方面：一是党始终处在领导核心地位。中国共产党是最高政治领导力量，处在领导核心地位。虽然在不同突发事件应对活动中的介入程度和介入方式有所不同，但通过召开会议、听取汇报、研究部署等各种方式，党在突发事件应对中始终发挥着领导核心作用，这是我国与西方国家应急指挥体制最大的不同，也是我国国家应急指挥体制最大的特点。二是不断强化跨部门协调联动。上升到在国家层面进行应对的突发事件，一般都是需要跨部门进行协同应对的重特大事件。应急指挥部和跨部门联防联控机制，是两种不同的具体工作模式；不过，无论采取哪种形式，其目的都是为了强化部门之间的协调合作，这也是2018年深化党和国家机构改革“优化协同高效”原则的具体体现。
对三起重大传染病疫情的案例比较研究表明，我国的应急指挥体制是一个渐进调适的过程。党的十八大以来，我国面临的国际国内环境发生深刻复杂变化，以习近平同志为核心的党中央坚持和加强党的全面领导，把推进国家治理体系和治理能力现代化作为全面深化改革的总目标。国家应急指挥体制的变化过程，是一个对国家治理体系重大变革、内外部环境重大变化积极回应和主动调整的过程，表明我国党和政府具有很强的学习与适应能力。本文提出的四种国家应急指挥模式，虽然在突发事件应对中具有不同的触发条件（如事件规模大小）、权责配置（如党政关系）、运作机制（如部门间关系），但它们共同的目标指向都是加强不同系统之间、不同部门之间的协调联动，以更加有效地应对各种跨界重特大突发事件。随着全面加强党的领导进一步贯穿于深化党和国家机构改革过程中，预计类似新冠肺炎疫情应对的“党委直接领导、部门联防联控”模式（模式III）在未来一段时间内将更为常见。
国家应急指挥体制是一个复杂的系统。本文选取2003年抗击“非典”、2009年防控甲流感、2020年应对新冠肺炎疫情三个案例进行比较研究，来揭示我国国家应急指挥体制的发展变化过程。当然，要更全面准确地把握我国国家应急指挥体制的演化轨迹和未来发展趋势，还需要进行更加全面深入的研究。例如，需要增强案例的数量和代表性，选取更多不同类型的典型案例，进行更大范围的比较研究，提高研究结论的可靠性；除了研究横向（党政之间和部门之间）的权责配置，还需要研究纵向（不同层级之间特别是中央与地方之间）的权责配置，从而对纵横交错、上下联动的国家应急指挥体制进行全面研究。
