2009年，国务院医改小组确定了第一批公立医院改革国家联系试点城市，包括上海、深圳等地，公立医院医药分开是改革的主要目标。今年，试点城市即将扩容。
5月9日晚间，国家卫生计生委官网挂出《关于确定第二批公立医院改革国家联系试点城市及有关工作的通知》（以下简称《通知》）。《通知》确定了天津市等17个城市为第二批公立医院改革国家联系试点城市，这意味着以医药分开为主的公立医院改革在全国大幅扩容铺开。
《通知》显示，在第二批公立医院改革国家联系试点城市中，东部地区涉及5个城市，分别为天津市、浙江省绍兴市、浙江省宁波市、福建省三明市、广东省珠海市；中部地区涉及5个城市，分别为河北省唐山市、山西省太原市、吉林省长春市、江西省新余市、海南省三亚市；西部地区涉及7个城市，分别为重庆市、四川省南充市、甘肃省庆阳市、宁夏银川市、新疆克拉玛依市、广西柳州市、内蒙古鄂尔多斯市。
在公立医院改革试点中，2012年启动的北京公立医院医药分开改革被业界看作风向标。北京取消了医药的药品加成收入，大幅降低药价，将其“平移”为新设立的医事服务费，借此拔高医疗服务价格。5月初，北京试点公立医院朝阳医院、友谊医院、天坛医院、同仁医院和积水潭医院已经在规模核算并上报经营及成本数据。
“北京建立了新型补偿机制，采取的是花钱买机制，目的是建立以公益性为核心的激励与约束机制。”北京市发改委委员、市医改办主任韩晓芳曾公开表示。
在北京，实施医药分开的公立医院可获得政府财政补偿，补偿形势从过去按人头、亏损额进行补偿的方式，转变为按现有工作量、服务效率、绩效、指标完成的情况进行对应补偿，补偿更加细化，未来补偿的金额还会进一步增加。
但这种做法被认为并非利用市场机制形成价格。以既是北京“医药分开”试点又是医保总额预付试点的朝阳医院为例，据朝阳医院执行院长陈勇在去年5月的一次行业会议上介绍，按测算数据“平移”过来的医事服务费是“死钱”，而每年的通货膨胀因素就使得成本支出不断上涨，这一制度本身就不可持续。同时，因其他医院未能联动改革，少量先行试点的医院变成了患者的“药房”。
北京大学国家发展研究院经济学教授、国务院医改专家咨询委委员刘国恩则认为此项改革有助于促进社会资本办医。他对财新记者表示：“药品加成取消后，公立医院要正常运行需要多少钱，可以算出来，首先是需要看地方政府可以有多少钱拿出来，那剩下的部分，就是社会资金可以引进的。公立医院改革引入社会资金，是中国现实下的必然。在这种情况下，留给社会力量举办的医院，可能会比公立医院还要多。”
刘国恩认为，公立医院改革的最终目标是回归公益性。他说，公益性应落实在老百姓受益方面：一是政府办的公立医院可以少收费，这就要求政府要对这部分公立医院特别大的资金保证；二是社会资本进入公立医院，也不会影响公立医院的公益性，医改正是从通过城乡基本医疗保障制度的建立和完善，进行需方补偿，来体现医疗服务的公益性。
