除了政府允许的主流渠道外，社会捐助的涓涓细流也汇到其他的民间组织。这样的态势的出现，或许是政府也始料未及的。
筹款方式
和这些官方背景的机构相比，民间组织所筹款在数量上都是非常零星的，但资源动员能力和方式，显现出独特的一面。民间组织一般规模不大，活动区域有限，再加上头上“非法集资”的达摩克利斯之剑，所以来自公众的善款和物资，一个重要的来源是“熟人社会”，或者是自己的志愿者和会员，或者是参与过机构活动的。这些捐助者本身对这个组织有比较清楚的了解，民间组织也会根据灾情需求和捐助人的意愿而配置这些物资。
厦门绿拾字是“四川NGO救灾联合办公室”的厦门总协调。尽管负责人马天南更希望通过媒体将募捐的信息发布，而她从报社那边得到的消息却是报社只能向公众发布有关红十字会募捐的信息。于是绿拾字的工作人员和志愿者先将募捐信息通过张贴和网络的形式发布，接着一名志愿者赞助印制了5000张募捐名片以及1000张救灾口诀卡片。
到了5月16日 ，一名绿拾字的志愿者作为信息员将灾区的需求发布在在厦门著名的小鱼社区（BBS），捐款和物资这才逐渐增多。而厦门本土的纸媒《厦门晚报》和《海峡导报》也刊发了“厦门绿拾字接受捐赠物资”的消息1。马天南把这个幸运归因于判断准确和反应迅速。当国家统一的部署还没有做出或还没有完全被执行的时候，他们筹集的物资已经拿到了当地民政局的第一张介绍信运到了灾区。
另外，互联网对民间组织筹款起重要的作用。牛博网本是个商业网站，地震发生后迅速地开展了筹款，但却没有厦门绿拾字幸运，筹款的账号一度被查封。该网站去年在救助黑煤窑童工中，曾组织过筹款活动。这次在地震的募捐说明书中就将“叫停”这个风险考虑进去，并想好解决的办法：把善款转给红十字会，而不是退回去。除了平日里积攒的人气外，它安排妥帖的筹款方式也成为一部分不信赖老基金会又没有其他渠道的人的一个选择，在震后最初的2周内，募集了21598315元（截至5月26日）。
不出所料，5月19日，建设银行的账户被冻结了。老罗带了10多个记者组成的队伍到了成都公安局，才解决这个问题。
零星的有公募资格的民间组织，充分利用了自身的合法性。贵州意气风发红十字会是个民间组织，也是红十字会的会员，所以它有公募资格。一直以来，贵州也地处西南，相对落后，但获得国际组织的资助远远不能与同处西南的云南省相比，民间组织的项目经费在当地筹集的比较多。地震发生后，贵州民间组织基于他们在雪灾救援的经验，迅速成立了一个联合行动小组，并且负责四川NGO救灾联合办公室的灾区信息的调查工作，并募集了几十万的物资，运往灾区。
沟通与吸纳
社会学家李强说，中国社会的发展是“重大历史事件打击型”，地震或许也是中国社会发展的契机。这次民间组织的参与乃至灾后重建，为民间组织发展挤出了一个“空间”，但不可回避的是，在初期筹集物资和款项的热情高涨之际，也出现过混乱的局面。
民间组织的参与热情和行动迅速，超出了政府的预料。在这个特殊时期，将NGO纳入政府的统一管理和调度，也可以理解。因此这次参与的很多民间组织给自己的定位是“帮忙不添乱，拾遗补缺”。但由于长期以来NGO特殊的发育环境，政府无法知道NGO到底有多少，通过什么渠道参与救灾。双方之间不只存在严重的信息不对称，更缺少一个管理和调度的交流平台。而民间组织规模小、工作内容多样，原有体系无法适应NGO的救灾行动，NGO也很难找到与政府管理者的沟通渠道。
厦门绿拾字要获得免费的物资运输，需要得到民政局开出的介绍信，开介绍信时候，需要有成都接收方合法接受捐赠的材料、物资的具体数量等内容的详细清单。绿拾字获得的捐赠物资总计10大类，但由于后期民政部门要求所有捐赠物资只能由红十字和慈善会这样的专业机构来接收，民政部门不再愿意开具这样的介绍信。在经过软磨硬泡后，厦门绿拾字还是获得了最后一个“路条”，其后只能拒绝接收市民的继续捐赠。
另一种统一管理实际上是简单化的吸纳。香港乐施会是最早进入大陆开展扶贫工作的组织，尽管至今没有注册，但与各地政府保持着很好的合作。地震发生后，他们依照以前的工作方向，先与四川有关部分沟通，但最初，有关部门建议乐施会把所有救灾资金和物资都交给中国慈善总会，由慈善总会负责发放。这样当然是最省力的，但乐施会担心，这种方式可能使乐施会的资金和物资淹没在浩瀚的救灾资金和物资里，起不到应有的作用，也发挥不了乐施会作为NGO组织的特色。所以他们最终确定借助扶贫办的力量，保证救援物资能准确送到每个救助点2。这样的沟通与交流，在最初的救援中，一度使乐施会的反应显得缓慢。
一般地，西方的私人基金会的设立为“散财”，而我国政府背景的基金会最初设立的目的，却是为聚财。这个方面已有很多案例研究。上个世纪80年代，和中国很多领域的改革的动因一样，政府为了甩财政包袱，或者减轻自身的财政压力，纷纷设立基金会作为筹集资源的平台。
例如，中国扶贫基金会的设立背景，本是政府的反贫困工作有财政压力，但正好当时一些中东石油国家，以及国际上一些慈善机构和企业集团，表示愿意捐款支持中国的扶贫事业。但是，按照国际惯例，捐款一般都交给专业的民间机构运作。方便国外援助，也是中国扶贫基金会成立的一个重要背景。
这个思维的惯性一直延续到现在。有海外捐助者、国内媒体质疑捐款的“二财政”问题，而从这些基金会发展背景看，起初就是承担了“二财政”的职能。不过历史的场景有了一点变化，与民间财富、公众热情同时成长的，还有针对基金会进行问责的力量。
透明度与监督成本
红十字会这次筹款空前巨大，但来自公众的压力，也是前所未有。事实上，公众对红会的质疑，并非只对其一家，它不过是多年来备受质疑的国内官办慈善机构中的代表。一个网友说“给中国红十字会一个压力就是给中国的一个动力！”
“万元帐篷”、“虚开发票”、“65%管理费”等问题，使红十字会在短短半个多月内经历了多次的公信力危机。网上传言，中国红十字会某官员在接受CCTV-4采访时表示，将送往灾区价值1300 万元的1000多顶帐篷。经网友计算，每顶帐篷高达13万元，网友纷纷跟帖表示质疑。
还有网友找出一些旧日报道，证明以前的灾难捐款，慈善组织可能截留作为备灾基金。
公众在广泛地成为捐款人后，网络成为问责的一个渠道。质疑因有了网络的平台，被广泛传播。随着网易发布消息，说停止与中国红十字会的筹款合作（后来双方都做了澄清），质疑的声浪达到高潮。一些热情满怀的捐助人踌躇起来：我们捐的钱会被提取多少管理费？会被挪作他用吗？甚至一些网友开始考虑是否放弃向红十字会、慈善总会捐款，改为其他方式帮助灾区人民。
1、管理费用的质疑
面对民意汹涌，民政部、中国红十字总会、中华慈善总会分别就此做出了回应。民政部首先要求所有的接收机构，及各级民政部门接收的捐款，一律不得从捐款中开支任何工作性的费用。另外，要求红十字会和慈善总会等慈善组织，不得在此次救灾接收的捐款中提取部分留作原始资金。
5月24日，中国红十字会常务副会长江亦曼在人民网在线座谈，专门就汶川大地震募捐治理和使用等话题做了说明：“各级红十字会不得在‘5·12’地震灾害中提取管理费。我想特别说明，目前各级红十字同级财政部门拨付，中国红十字会从未在捐赠款中列支机关工作人员工资和办公经费。”
从善款中提取一定比例的管理费，本是国际惯例，也是组织运行所必须。但红十字会这个澄清，令一些慈善组织担心，在对慈善规则还不甚了解的大众，或有误导之嫌。果真就有媒体把管理费做了问题拿来问。于是，一些基金会赶快表达自己没有财政支持，是纯粹的社会组织。
和捐款热情一样高涨的质疑，事实上，体现的是捐助人对募捐主体的内在要求，而类似红会这样的混合的身份，出现了异议之声也是必然。网上有网友质疑：“贵会到底是非政府组织，还是吃财政的事业单位？”从其遵循国际惯例来看，中国红十字会无疑把自己看成了慈善机构，而慈善机构需要提取必要的费用以支付人员工资，维持项目运作和日常管理。中国红十字会本质上是不折不扣的国家机关，接受政府的财政拨款。身份的复杂导致了现实的尴尬。
2、监管与监管成本
这次赈灾中出现的一个比较好的现象，是这次各大慈善组织加强了外部监督力度，回应公众的质疑。一些机构既有体制内的监督，又有国际权威机构的审计。据了解，中华慈善总会在抗震救灾中收、拨付、使用和管理捐赠款物的一切活动和行为，全部接受审计署和毕马威国际会计师事务所的双重审计。
中国红十字总会邀请了德勤做审计，审计署也同时进入，中国红十字基金会最先在自己的官方网站上公布了中维会计师事务所的审计报告。
审计署社会保障审计司司长王中信说，现在四川审计的力量将近2000人，加上其他两个省的审计力量3000人左右，另有数据说已愈万人。
相比这些官办基金会，李连杰壹基金开始了更为国际化的新模式。首先设计了“全面与国际接轨”的外部托管体系：请来德勤做财务监管；奥美和BBDO（天高，全球排名第二的广告公司）做市场推广；贝恩咨询做全球战略。
民间组织在没有外部监督的情况下，也是谨慎再谨慎。大部分组织在网络上公开了物资的筹集、发放的全过程，受益人、领取人都列在其中。
但是，还是有公众质疑：“为什么不请德勤、毕马威等知名会计师行做审计？”
牛博的老罗说，以后若继续做这样的公益筹款，就做两个帐号：信任帐号和存疑帐号。在存疑帐号，应对各种刁钻的问题，完全按照正规走。还要有第三方审计，有专业的会计等等。但前提是，要提取一定比例做经费付工资。
老罗的设想道出了一问题：在我们希望监督的手段国际化、规范化的时候，对牛博这样的组织，筹款200多万，能否可以承担得起德勤、毕马威的审计成本？
筹款200多万的牛博尚且如此，更不要说那些筹款和用款额度很小的民间组织了。
另一个无法做到帐目笔笔都清楚的，是紧急救援特殊时期的特殊情况。梁漱溟乡村建设中心是最早到达现场的民间组织之一，但中心自己能提供的物资非常有限，几乎完全靠社会捐助和其他组织的输送。该中心的白亚丽坦言：笔笔都做到帐目清楚有难度。“因为到了现场，跟打仗一样，根本不可能满足那么多的要求。比如说我们要发一箱捐赠给小孩的零食，如果捐赠人要求每个人都签字，这是做不到的。我们背着东西一个个发给小孩，再要求他们一个一个签字，怎么可能呢？有些物品是可以很好做到的，但有些特别零散的，比如一个本儿，几支笔，零食啊什么的，你就很难做到的。”
绿家园的志愿者吴娟也同样遇到这样的问题。绿家园的萧远发短信给她：“既然让你管账和物品，就一定要管好！进出清楚，拍照，分配清晰有帐有记录，将来要经得起审计审查。”在北京筹募的汪永晨，也常常给她发消息，催着把账单和货物拍照后发给捐款者。
她不敢有任何怠慢。所有的购买和运送一定要到场，理清货物的单据发票，送到灾区要接收站签名盖章，手上厚厚一叠票据，像宝贝一样生怕弄丢了。
但还是有想不到的事情发生：当时有三箱进口的消毒水，在什邡遇到一批空降兵，得知有很多战士在抗震救灾中受了伤，觉得送给军队和医务站最合适。但空降兵不收药品，说有纪律不能拿群众一针一线。绿家园坚持要送，连长连声说谢谢。可问题是，他不能履行任何账单手续，不能签字，也不能盖章来证明这批药品他们接收了。如果没有这个手续，怎么能说明这批药品的去向？
随行的中国环境报记者丁品说：“给他们用吧，我们都作证。”一直帮助采购和运送物资的越野俱乐部的穿山甲说：“我也作证。”于是才免掉了这个手续，用相机拍下作证后送给了这些战士。保证公开透明，是公益组织的生命线。公众在地震捐款中，更愿意把钱放到红会或者其他官办机构，除了对民间组织不熟悉，也有不信任。在国外NGO领域早就有了类似的第三方评级体系。中国几家先成长、已经正规化、规模化的机构也在发起、制定评价标准。 但对于更多的小的民间组织来说，目前所能做到的公开透明，就是及时在网络上公示，做到翔实、具体，甚至在受益对象上具体到某个村某个人。
探索低成本的监督机制，也是未来参与重建的民间组织的另一个任务。
