一、司法机关对事实婚姻应如何处理
按照合法婚姻关系进行处理。事实婚姻只限于1994年2月1日前未经登记而共同生活，并符合结婚实质条件的男女双方，构成事实婚姻的，可确认其婚姻效力，不必非要补办结婚登记。其次，我国法律采用承认补办登记具有溯及力原则，即1994年2月1日后未经登记而共同生活的男女双方，如果当事人补办了结婚登记，其婚姻转化为有效的婚姻。否则，视为同居关系。
二、法律依据
最高人民法院关于适用《中华人民共和国婚姻法》若干问题的解释(一)
第五条 未按婚姻法第八条规定办理结婚登记而以夫妻名义共同生活的男女，起诉到人民法院要求离婚的，应当区别对待：
(一)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以前，男女双方已经符合结婚实质要件的，按事实婚姻处理;
(二)1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记;未补办结婚登记的，按解除同居关系处理。二、婚姻认定。
按照《婚姻法》上的定义，事实婚姻是指男女违反结婚程序而以夫妻名义公开同居生活，群众也公认他们是夫妻的。也就是说，事实婚姻的成立有三个构成要件：一是以夫妻名义;二是公开同居生活;三是群众也认为其是夫妻。关于第一个要件，双方须以夫妻相称，这一点可以根据同居双方的供述认定。但是，由于大多数当事人在事发后都拒绝承认这一点，所以只能间接地来证明。如双方居住的地方有无表征其是夫妻的证据，包括房内有无“喜”字、有无双方喜庆的请柬、有无夫妻共同生活必需的用品;双方对外是否以夫妻相称、对外人称其为夫妻是否加以阻止或纠正。对于第二个要件“公开同居生活”，首先，这种同居必须是公开的，即双方对此是毫不掩饰的，双方的事实婚姻关系须有形式上的完整性，即具有对外的公示性，若是秘密的，则不能认定为事实婚姻，最多只能认定是通奸，而通奸在法律上是不被认为重婚的。关于“同居生活”，则包含了更多的内容，因为正是由于双方所构成的是一种“婚姻关系”，所以这种同居必须是和夫妻的共同生活具有完全的同一性或者适格性，包含夫妻生活的实质内容：
(1)双方须有同居生活的事实，而且这种同居须是长期的、稳定的，若是短暂的、随时可以结束这种关系的同居，则不能认为是事实婚姻;
(2)双方须有夫妻关系的实质内容，如双方相互间以夫妻身份相对待，具有共同的财产，双方相互扶助，相互扶养，具有稳定的两性关系，具有共同的经济生活，具有共同的社会生活等等。可以说，上述内容是认定“事实婚姻”的实质性要件。
双方达到我国的事实婚姻的，应积极的按照法律规定补办相关的结婚证明。按照我国的法律规定，向当地的民政部门提出申请，核准后下发相关的结婚证。一旦产生婚姻纠纷的，可以凭借结婚手续维护自身的合法权益。
