一、非法占用农用地罪公诉意见书的内容有哪些
第一，对法庭调查的简要概括。
第二，进行证据分析，认定被告人的罪行。
第三，进行案情分析，概括案情的全貌，揭露被告人犯罪的社会危害性。
第四，分析被告人犯罪的思想根源和社会根源。
第五，进行法律上的论证，指明被告人触犯的刑法条款，阐明被告人应负的责任。
二、非法占用农用地罪的认定
我国《刑法》第三百四十二条规定，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
(一)犯罪对象
根据全国人大的相关解释，本罪的犯罪对象包括耕地、林地、草地、养殖水面、湿地等，只要违反土地管理法、森林法、草原法的法律以及有关行政法规中关于土地管理的规定，都可以构成本罪。
(二)行为特征
根据最高人民法院《关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，改变被占用土地用途，是指行为人违反土地利用总体规划或者计划，未经批准或者骗取批准，擅自将耕地、林地等农用地改为建设用地或者改为其他用途的情况。
(三)数量较大
依照《破坏土地的解释》，①非法占用并毁坏防护林地、特种用途林地数量分别或者合计达到五亩以上;②非法占用并毁坏其他林地数量达到十亩以上;③非法占用并毁坏本条第(一)项、第(二)项规定的林地;④非法占用并毁坏本条第(一)项、第(二)项规定的林地，其中一项数量达到相应规定的数量标准的百分之五十以上，且两项数量合计达到该项规定的数量标准。数量分别达到相应规定的数量标准的百分之五十以上，属于“数量较大”。
(四)大量毁坏
刑法和司法解释中规定，非法占用农用地“数量较大”和造成农用地“大量毁坏”才构成犯罪，这里所指的“大量”应当认为在“数量较大”的范围之内，因此只要达到“数量较大”既可视为是“大量”毁坏。
综上，非法占用农用地罪侵害的是国家对土地特别是耕地进行保护的管理制度，其公诉意见书的内容包括对法庭调查的简要概括、认定被告人的罪行、进行案情分析、概括案情的全貌、指明被告人触犯的刑法条款、阐明被告人应负的责任。
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