超期羁押是可以申请国家赔偿的，超期羁押不仅严重侵害犯罪嫌疑人、被告人的合法权益，而且违背法制理念，亵读法律尊严，严重损害了公安司法机关在人民群众中的良好形象。《国家赔偿法》规定：“侵犯公民人身自由的，每日赔偿金按照国家上年度职工日平均工资计算。” 最高检刑事申诉检察厅5月31日下发通知，要求各级人民检察院办理自身作为赔偿义务机关的国家赔偿案件时，执行新的日赔偿标准258.89元。
刑事赔偿主要是司法机关在司法活动中违法，给当事人造成侵害。其赔偿程序的初始得先向赔偿义务机关提出确认申请，要求赔偿义务机关确认其行为违法。确认违法有多种形式，如错判、错拘、错捕等，这些明显错案的，实际已经确认违法，不需要再走确认程序。不明显的，或当事人认为是违法，但需要行政或司法机关确认的，则需经行政或司法机关确认，确认的期限是60日。
赔偿义务机关收到赔偿申请后二个月内，应当作出赔偿决定。逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可以自期间届满之日起三十日内向其上一级机关申请复议。复议机关收到复议申请后二个月内作出复议决定。赔偿请求人不服复议决定的，可以在收到复议决定之日起三十日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定;复议机关逾期不作决定的，赔偿请求人可以自期间届满之日起三十日内向复议机关所在地的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。
二、被超期羁押怎么办?
如果司法机关在羁押期限届满后仍不放人的，犯罪嫌疑人、被告人及其法定代理人、近亲属或者犯罪嫌疑人、被告人委托的律师及其他辩护人对于人民法院、人民检察院或者公安机关采取强制措施超过法定期限的，有权要求解除强制措施。
司法机关对被采取强制措施超过法定期限的如何处理，法律规定了三种办法：一是对于犯罪嫌疑人、被告人在押的应当予以释放;二是对于取保候审超过十二个月或者监视居住超过六个月的，应当解除取保候审、监视居住;三是变更强制措施，如对被羁押犯罪嫌疑人、被告人解除羁押，改为采取取保候审。
如果到了法定期限不能办结，对于在押的犯罪嫌疑人、被告人原则上应当释放。对于还需要继续侦查、审查决定是否提起公诉或者继续审理的案件的犯罪嫌疑人、被告人，可以采取取保候审、监视居住。
超期羁押的前提条件必须是，国家法律制度首先对各个环节内的羁押时间有着非常明确的规定，但现在看来这个问题在立法当中几乎是空白的，特别是审查起诉阶段的羁押时间几乎是可以无限期延长的，因为超期羁押而如期支付国家赔偿款的案例也很少。
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