一、审查起诉阶段何时起算?
根据《刑事诉讼法》第一百七十一条第3款的规定：对补充侦查的案件，补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院也要重新计算审查起诉期限。以上规定的审查起诉的期限是针对犯罪嫌疑人被羁押的案件来说的，实践中对犯罪嫌疑人未被羁押的案件，人民检察院不受1个月至1个半月期限的限制，既可以在1个月至1个半月内完成，也可以超过这个期限，但是，必须贯彻迅速、及时原则，不得中断对案件的审查。此外，如果在审查起诉过程中犯罪嫌疑人在逃的，人民检察院应当中止审查，并按照《刑事诉讼法》的有关规定作出通缉的决定并通知侦查机关执行。共同犯罪中的部分犯罪嫌疑人在逃的，对在逃犯罪嫌疑人应当中止审查，对其他犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。中止审查应当由审查起诉部门负责人提出意见报请检察长决定。中止审查的时间不计入审查起诉的期限。
l、从证据的“合法性”来审查，主要审查证据是如何形成的、是由谁提供或收集的，收集的方法是否正确，证据的形成与收集是否受到主客观因素的影响。具体地说就是要审查有关人员是否出于不良动机，提供虚假的证据;有关人员是否因生理上、心理上、认识上、表达上等原因，提供了不实的陈述;侦查人员收取证据的手段是否正确、合法，固定保管证据的方法是否科学等。
2、从证据的“客观性”来审查，就是要审查判断证据所反映的事实与待证的案件事实是否存在着客观的内在联系，有什么样的联系，能证明案件中的什么问题，内容本身是否合理，有无矛盾，即证据的内容是否客观真实。
首先对同一的证据，要审查其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾。如当事人就同一事实作过几次陈述、证人在几次询问中就相同的问题提供的证言，应当对他们前后所做的陈述、提供的证言联系起来进行分析研究，看其所反映的内容前后是否一致，有无矛盾，如有矛盾，就不能轻易采信，而应查明矛盾出现的原因。
其次，对案件中不同类证据的审查，也要结合起来进行综合审查判断，审查各个证据所证明的事实是否一致、协调，它们之间是否存在矛盾。就具体案件来说，要注意分析同案犯口供之间、不同证人的证言之间、犯罪嫌疑人的供述与辩解和被害人的陈述之间有无矛盾。不但如此，还要分析犯罪嫌疑人供述与辩解、证人证言、被害人陈述与案件内的物证、书证、鉴定结论、勘验检查笔录之间有无矛盾，物证、书证与勘验检查笔录之间有无矛盾等等，以便从中发现问题，进一步查证核实。
再次，对证据进行综合审查判断，还应当把案内所有的证据与案件事实联系起来。只有当证据审查到证据与证据之间，而且证据与案件事实之间都相互一致，才能就案件事实作出是否起诉、不起诉的结论性意见。
最后还应注意，证据是否充分，是进行综合审查判断时必须予以解决的问题，特别是完全依靠间接证据定案的，必须要形成完整的证明体系。
在发生了违法行为后，也是会对犯罪行为进行立案调查的，那么在公安机关已经充分掌握了犯罪事实和证据时，是可以将案件移交至检察院的，同时法院以及检察院会根据相关的证据做出是否起诉的决定，如果认为证据不充分，也是会将案件退回并进行补充侦查的。
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