一、上一级检察院退卷后怎么侦查？
上一级检察院退卷后公安机关会根据不同的情况进行侦查：
(一)原认定犯罪事实清楚，证据不够充分的，应当在补充证据后，制作补充侦查报告书，移送人民检察院审查;对无法补充的证据，应当作出说明;
(二)在补充侦查过程中，发现新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事责任的，应当重新制作起诉意见书，移送人民检察院审查;
(三)发现原认定的犯罪事实有重大变化，不应当追究刑事责任的，应当重新提出处理意见，并将处理结果通知退查的人民检察院;
(四)原认定犯罪事实清楚，证据确实、充分，人民检察院退回补充侦查不当的，应当说明理由，移送人民检察院审查。
犯罪嫌疑人被批捕后，检察机关一般不会再将案件退回公安机关。如果双方达成刑事和解的，检察院可以根据具体情况作出不起诉或者起诉决定，也可以在庭审时提出减轻处罚的量刑建议。
法律依据：
《刑事诉讼法》第一百六十六条 人民检察院侦查终结的案件，应当作出提起公诉、不起诉或者撤销案件的决定。
第二章 当事人和解的公诉案件诉讼程序
第二百七十七条 下列公诉案件，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解的，双方当事人可以和解：
(一)因民间纠纷引起，涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的;
(二)除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件。
犯罪嫌疑人、被告人在五年以内曾经故意犯罪的，不适用本章规定的程序。
第二百七十八条 双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。
第二百七十九条 对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议;对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。
综上所述，上一级的检察院会将已经收到的案件卷宗又发回去的原因肯定是这个案件还不够正式起诉的，而不能起诉的原因多数都是因为证据还不够或者缺少重要的文件之类的问题，如果被退卷后接下去的侦查活动就会交给公安机关展开。
延伸阅读：
检察院立案侦查的范围包括哪些
检察院退回补充侦查2次后会被起诉吗？
检察院立案侦查期限是多久
