1、客体不同。销售假药罪侵犯的是国家药政管理体制和公民的生命权、健康权;非法经营罪侵犯的是市场管理秩序。
2、客观方面不同。销售假药罪是指销售者违反国家药品管理制度，销售假药的行为;非法经营罪则是未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品的。
3、法定最高刑不同。销售假药罪法定最高刑为，非法经营罪法定最高刑为五年以上。
非法经营罪是指【非法经营罪】违反国家规定，有下列非法经营行为之一的犯罪。
(一)未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或其他限制买卖的物品的;
(二)买卖进出口许可证、进出口原产地证明以及其他法律、行政法规规定的经营许可证或者批准文件;
(三)未经国家有关主管部门批准，非法经营证券、期货或者保险业务的，或者非法从事资金结算业务的;
(四)从事其他非法经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。
非法经营罪中“违反国家规定”的理解
第一个层次，如果一个行为没有违反国家规定，而只是违反了比国家规定位阶低的地方性法规、部门规章等，当然不构成非法经营罪;
第二个层次，如果一个行为虽然违反了国家规定，但该国家规定未将该行为作“构成犯罪的…追究刑事责任”的规定、并且刑事司法解释也未将该行为解释为非法经营罪的行为方式的，也当然不构成非法经营罪。
第三个层次，如果一个行为虽然违反了国家规定、并且该国家规定将该行为作“构成犯罪的…追究刑事责任”的规定，但刑事司法解释未将该行为明确解释为非法经营罪的行为方式的，也当然不构成非法经营罪――比如无照经营行为。
生产、销售假药罪是指生产者、销售者违反国家药品管理法规，生产、销售假药，足以危害人体健康的行为。生产、销售假药罪(刑法第141条)，是指生产者、销售者违反国家药品管理法规，生产、销售假药，足以危害人体健康的行为。根据刑法修正案八的规定，只要具有主观故意生产、销售假药的行为，即构成本罪。
在我们的日常生活中，作为消费者以及社会经济秩序中的重要的一员，是一定要注意保护自己的权益的，如果遇到了非法经营等破坏社会注意市场经济秩序的犯罪，一定要及时的加以举报。
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