1、经营内容不同。
非法经营同类营业罪要求行为人具有具体的经营内容，该经营内容必须是与自己所在公司经营业务内容一致，如自己所在公司是销售电缆的，则无论自己私下经营或交给亲友经营，也都应当是销售电缆;
而为亲友非法牟利罪，其经营的内容既可以是相同的，也可以是不同的，不同的业务内容如“以明显高于市场的价格向自己的亲友经营管理的单位采购商品或者以明显低于市场的价格向自己的亲友经营管理的单位销售商品的”，和“向自己的亲友经营管理的单位采购不合格商品的”这两款规定就是如此。
2、是否亲自作为不同。
非法经营同类营业罪要求行为人有积极的作为，自己亲为或间接参与亲为，并具有实质性的意义;
在为亲友非法牟利罪中，不要求行为人有具体的经营作为行为，只要利用了职务上的便利，为亲友提供了帮助即可。但是，其“亲友”在客观方面必须实施一定的经营行为，付出一定的经营性劳动，这是其获取非法利益的客观基础。
3、是否实际赢利不同
非法经营同类营业罪要求行为人获取非法利益，且数额巨大的，才能构成犯罪。如果不是赢利数额巨大，依《刑法》规定，则虽然有经营同类营业的行为，却不构成犯罪。该营利数额法律规定为人民币10万元，即国有公司的董事、经理虽有同类营业行为，如赢利在10万元以下的，不以犯罪论处。
而为亲友非法牟利罪，行为人本人是否赢利在所不问，其是否构成犯罪在金钱方面另有两点：一是造成国家直接经济损失数额在十万元以上的，二是使其亲友非法获利数额在二十万元以上的。该两点中，只要具备一点，即可构成犯罪。
4、赢利的来源不同
为亲友非法牟利罪的赢利来源，来源于亲友的具体经营行为，尽管在实质上是一种利益输送的模式，但其亲友的经营行为却是实质性的，并且也可能存在一定的市场经营风险，有的可能并非一定赢利。
而非法经营同类营业罪的成立，赢利数额在10万元以上，来源于行为人本人私下亲自经营或间接经营。
5、犯罪后果不同。
为亲友非法牟利罪的成立，依《刑法》的规定，要求必须是在亲友赢利的同时，导致了国家利益遭受了重大损失为条件，如果国家利益没有遭受重大损失的，则不应构成犯罪，该损失金额为人民币10万元。但值得注意的是，该点规定与最高检公安部《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定》(二)中的规定存在差异，依后者，为亲友非法牟利罪的成立，并不要求以给国家利益造成重大损失为条件。
6、表现方式不同。
非法经营同类营业罪多为私下偷偷摸摸地进行，带有一定的隐性性;
最后，依最高法现有判例观点，行为人利用职务便利，将所在公司的业务交由以其亲属名义设立的公司进行经营的，以非法经营同类营业罪定罪处罚，而不以为亲友非法牟利罪论处。
非法经营同类营业罪和非法为亲友非法牟利罪构成的条件有相似的地方，所以有时和容易混淆分不清楚，其实两者之间是有所不同的，但是都是行为人利用职务之便为亲朋好友谋取不当的利益，侵害了国家的利益要承担法律责任。
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