债务纠纷结案后借条都是留在法院的，一般来讲,法院会把所有证据都留存下来放入卷宗中。
事人提交的证据当庭质证，核对之后，被法院认定为证明案件事实依据的都列在法院作出的判决书里面。法院给当事人的的判决书就已经对争议事项做出了处理。从一事不再理，和司法最终原则上来讲，为避免重复立案起诉法院必须收回证据原件。这是法院办案的基本规定。证据原件法院要附卷存档，一般情况下不会退还当事人。但是当事人要求归还的和一些比较特殊的证据，比如房屋产权证，残疾证和职业的资格证等与当事人有密切关系的，要继续使用的证据要必须归还当事人。
二、债务纠纷起诉后多长时间能结案?
《中华人民共和国民事诉讼法》
第一百四十九条 审限
人民法院适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准，可以延长六个月;还需要延长的，报请上级人民法院批准。
第一百六十一条 审限
人民法院适用简易程序审理案件，应当在立案之日起三个月内审结。
第一百七十六条 二审审限
人民法院审理对判决的上诉案件，应当在第二审立案之日起三个月内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准。人民法院审理对裁定的上诉案件，应当在第二审立案之日起三十日内作出终审裁定。
三、借条无效的情形有哪些?
1、明知对方借款用于非法活动的
合法的借贷关系受法律保护，但违反法律或社会公共利益的民事行为属于无效行为。法院查明，出借人明知个人借款用于赌博、贩卖假币、贩卖毒品、走私等非法活动而借款给他人，其借贷合同不受法律保护，对行为人还要处以收缴、罚款、拘留，甚至追究刑事责任。
2、违背真实意愿的借条
一方以欺诈、胁迫等手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销合同。受损害方的变更权或撤销权应当依法行使。
3、感情债所产生的借条
不少情人之间出于玩笑或者其他原因(例如：青春损失费，精神损失费，出轨劈腿等)，会写下借条，但实际中并没有这笔借款支付的凭证。如果分手或者离婚了，一方拿着借条要求法院判决对方还钱，法院通常会要求提供一系列的证据链，没有其他证据只有借条的，借条无效。
4、有借条但没有实际支付借款
借条只能证明借贷双方之间有约定，如果没有实际支付借款，借条实际上是不产生法律效力的。
民事诉讼活动中，一般的证据材料人民法院都会直接放入卷宗中存档保存，但类似于房产证，职业资格证，这些证件肯定会退还给当事人的。在债务纠纷已经结案了的情况下，有没有借条对债务债权人来讲，也都不会产生太大影响。
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