根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同适用法律若干问题的解释》第二十一条的规定，当事人就统一建设工程另行订立的建设施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的解释》的解答规定：(七)关于黑白合同的处理原则：在建设工程招投标中，有的当事人为了获取不正当利益，在签订中标合同前后，往往就同一工程项目再签订一份或者多份与中标合同的工程价款等主要内容不一致的合同，如果出现“黑白合同”，应当按照哪一份合同结算?在招投标的工程价款结算纠纷案件中，一方当事人主张按照“黑合同”结算，对方当事人则主张按照“白合同”结算的，《解释》第21条明确规定：应当以“白合同”即备案的中标合同作为结算工程价款的依据。
在实践中，有时候黑合同和白合同均违反了《招投标法》规定，均被认为无效的情形。那么建设工程应当按照哪个合同作为结算依据。目前，各地的法院均有不同的规定。
根据《北京市高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的指导意见》规定：“备案的中标合同与当事人实际履行的施工合同均因违反法律、行政法规的强制性规定被认定为无效的，可以参照当事人实际履行的合同结算工程价款。”该规定没有确定是按照黑合同进行结算还是按照白合同结算，而是参照当事人实际履行的合同结算工程款。那么实际履行的合同可能是白合同，也可能是黑合同。哪份合同是双方实际履行的合同，就按照哪份合同结算。
根据《山东省高级人民法院关于建设工程施工合同纠纷会谈纪要》规定：“审判实践中曾经出现了当事人双方请求按照“黑合同”作为工程款结算依据的情形，对此，会议认为，“白合同”是依据招标投标这一法定形式确认的，虽然“黑合同”可能是当事人的真实意思表示，但由于合同内容规避法律规定、合同形式不合法，不能代替“白合同”即中标备案的效力，即不能依据“黑合同”作为结算工程款的依据。”根据以上规定，黑合同是法律禁止的行为，即使黑合同是双方当事人真实的意思表示，那么也不能按照黑合同作为结算工程款的依据。
根据以上解释的解答规定，黑合同即使是双方当事人真实的意思表示，由于违反了法律规定，不能成为工程款结算依据。
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