公司股东与法人纠纷导致破产的处理方式为：将各自的负责内容梳理清楚;进入破产清算程序;成立清算组;破产企业的全面接管;破产企业的财务审计;破产财产的清理、清算;制定破产财产分配方案等。各项内容都需要相关部门提供专业人员的支持。
二、股东与法人的区别
1、法人是企业的负责人,是由股东会或者董事会选举产生的。股东只是公司的资金投入者，股东构成的股东会是公司的最高权力机构
2、而一般的公司的法人都是由董事长(即股份持有最多的人)来担任的。法人享有经营管理的权力，而股东只是投资者，享有收益等权利。在跟其他公司签合同时，只有企业法人签字才有效。
股东是指对股份公司债务负有限或无限责任，并凭持有股票享受股息和红利的个人或单位。向股份公司出资认购股票的股东，既拥有一定权利，也承担一定义务。股东的主要权利是：参加股东会议对公司重大事项具有表决权;公司董事、监事的选举权;分配公司盈利和享受股息权;发给股票请求权;股票过户请求权;无记名股票改为记名股票请求权;公司经营失败宣告歇业和破产时的剩余财产处理权。股东权利的大小，取决于股东所掌握的股票的种类和数量。
法人是具有民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利和承担民事义务的组织。这种组织既可以是人的结合团体，也可以是依特殊目的所组织的财产。从根本上讲，法人与其他组织一样，是自然人实现自身特定目标的手段，它们是法律技术的产物，它的存在从根本上减轻了自然人在社会交往中的负担。法律确认法人为民事主体，意在为自然人充分实现自我提供有效的法律工具。
有限责任是指债务人以法律规定的财产范围对某种债务承担责任。有限责任可分为人的有限责任和物的有限责任。前者指债务人仅以一定的最高财产额为承担责任的限度。如股份有限公司的股东，对公司破产后所负的一切债务，仅以其入股的数额为限承担责任; 后者指债务人仅以特定的财产为负担责任的限度。如继承人对于被继承人的债务所负担的责任，仅以所继承的财产为限。
公司的股东和法人都是一个公司非常重要的组成部分，但是二者拥有的权力以及在公司负责的部分都是有所不同的，如果在重合的项目有冲突的需要协商解决。不管什么原因造成公司的破产，都需要按照法定的程序将进行系列破产的的收尾工作。
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