一、企业可以与职工签订保密合同保护商业秘密。
我国《劳动法》第二十二条规定：劳动合同当事人可以在劳动合同中约定保守用人单位商业秘密的有关事项。因此，用人单位可以在劳动聘用合同、知识产权权利归属协议或者技术保密协议中，与相关人员订立保密合同。
二、企业可以采取经济手段保护商业秘密。
一是以优厚的待遇来保护商业秘密。即对接触、使用企业商业秘密的职工，特别是高级管理人员给予较优厚的工资、奖金、津贴待遇，同时在劳动合同中写明，一旦享受特殊津贴，则应负有相应的保密义务。二是以劳动合同长期化来保护商业秘密。
三、企业应当建立健全商业秘密保护制度。
一是建立商业秘密的保护机构。商业秘密与国家秘密虽然层次不同，但保护的要求、制度措施、防范手段、宣传教育等大体相似，因此可以把国家秘密与商业秘密纳入统一管理，分别对待。
二是建立企业内部的保密制度。国家保密部门已经颁布的一系列保守国家秘密的制度，是针对各种泄密渠道提出的保密行为规范，很多都适合于商业秘密的管理，企业可以根据商业秘密的不同特点，进行取舍、充实，制订出一套符合商业秘密运作规律的管理制度。
《劳动合同法》第二十三条 保密义务和竞业限制
用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
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