专利行政复议的机构，也称专利行政复议的机构的主管机关。与专利行政复议的两类申请人一致，也存在专利行政复议的两类机构。第一类机构，《行政复议法》第14条规定：对国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府的具体行政行为不服的，向作出该具体行政行为的国务院部门或者省、自治区、直辖市人民政府申请行政复议。国家知识产权局属于国务院直属机构，性质上相当于国务院部门，因此，对其作出的具体行政行为，应由其本身进行复议。当然，尽管作出具体行政行为的机关与作出复议决定的机关同一，但内部的处理部门却可以不同。根据《行政复议规程》第3条：国家知识产权局法律事务处(以下简称“法律事务处”)负责行政复议的具体工作。第二类机构，根据《行政复议法》第12条的规定，对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。所以，此类行政复议，既可以向管理专利工作的部门所属的本级人民政府提出申请，也可以向上一级管理专利工作的部门提出申请。
根据《复议规程 第五条规定，专利行政复议的收案范围包括：1、专利申请人对不予受理其申请不服的;2、专利申请人对申请日的确定有争议的;3、专利申请人对视为未要求优先权不服的;4、专利申请人对其专利申请按保密专利申请处理或者不按保密专利申请处理不服的;5、专利申请人对专利申请视为撤回不服的;6、专利申请人对视为放弃取得专利权的权利不服的;7、专利权人对专利权终止不服的;8、专利申请人、专利权人因耽误有关期限导致其权利丧失，请求恢复权利而不子恢复的：9、专利权人对给子实施强制许可的决定不服的;10、强制许可请求人对终止实施强制许可的决定不服的;11、国际申请的申请人对国家知识产权局根据专利法实施细则第一百零二条终止其国际专利申请不服的;12、国际申请的申请人对国家知识产权局根据专利法实施细则第一百一十五条所作复查决定不服的;13、专利代理机构对撤销其机构处罚不服的;14、专利代理人对吊销其 专利代理人资格证书》的处罚不服的;15、公民、法人和其他组织认为国家知识产权局作出的其他具体行政行为侵犯其合法权益的。
最后一项是个“兜底条款”，究竟包括哪些情形， 未见到任何解释。但从实际来看，可以肯定的是，国家知识产权局专利复审委员会所作出的任何具体行政行为都不包括在内。
