(1)法律性质不同。国家秘密关系国家安全和利益，代表和体现国家意志，维护全国人民整体利益。权利主体是国家，归国家所有，只有国家，才能决定它的使用和处置;商业秘密关系特定权利人经济利益和竞争优势，它的范围仅限于与科研、生产、经营有关的技术和经营信息，代表和体现权利人或个人意击;权利主体是某一技术;信息的发明人或持有人，归某一权利人所有。
(2)立法意图不同。"国家秘密"在《保密法》中提出，本意是要求一切组织机构和全体公民在接触国家秘密，利用国家秘密时;均应遵守《保密法》的规定;商业秘密在《反不正当竞争法》中提出，本意是告诫所有经营者在经营活动中遵循自愿、平等、公平、诚实信用的原则，不得违背公认的商业道德。
(3)确定程序不同。国家秘密事项的确定有严格的法定程序;商业秘密在法律上没有规定确定程序;商业秘密的确定视权利人的意见而定;只要权利人有保密的意图并且采取了合理的保密措施;商业秘密即受法律保护;
(4)转让条件不同。国家秘密具有不可转让或限制转让性，商业秘密则可进入市场自由转让。
(5)法律保护水平不同。由于二者的权利主体不同，代表的利益不同(泄密后违害的对象)，所以对保密措施的要求亦不同。
二、国家秘密和商业秘密虽都属于秘密的范畴，但二者属于不同的层次，其主要区别是：
1、国家秘密关系国家的安全和利益，体现和代表一般的或国家的意志;而商业秘密则仅关系权利人的经济利益和竞争优势，体现和代表个别的或权利人的意志。
2、国家秘密涉及国家的政治、军事、外交、国民经济与社会发展、科学技术、国家安全、刑事司法等重大领域，而商业秘密只涉及与科研、生产、经营相关的技术信息和经营信息。
3、国家秘密的权利主体是国家并且只限于国家，而商业秘密的权利主体是权利人，这种权利人既可以是自然人，也可以是法人。
4、国家秘密的确定，必须由国家的权力部门和保密工作部门依照法定程序进行，而商业秘密的确定仅仅是权利人的个人行为。
5、国家秘密具有绝对的排他性和不可转让性。一个事项一旦被确定为国家秘密，只有国家才具有对其使用和处理的权利。而商业秘密的权利人有权向任何愿意得到该秘密的人进行转让。
综上所述，国家秘密涉及国家的政治、国民经济与社会发展，商业秘密只涉及与科研、经营相关的技术信息，国家秘密的权利主体只限于国家，商业秘密的权利主体是权利人，国家秘密具有绝对的排他性和不可转让性，商业秘密的权利人有权向任何人进行转让。
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