软件著作权登记证书是否可以免税，在法律上并未统一规定，部分地区是可以来进行免税处理的。计算机软件著作权是指软件的开发者或者其他权利人依据有关著作权法律的规定，对于软件作品所享有的各项专有权利。就权利的性质而言，它属于一种民事权利，具备民事权利的共同特征。着作权是知识产权中的例外，因为着作权的取得无须经过个别确认，这就是人们常说的“自动保护“原则。软件经过登记后，软件着作权人享有发表权、开发者身份权、使用权、使用许可权和获得报酬权。
1.发表权，即决定是否将软件公之于众的权利。
2.开发者身份权，即表明软件开发者身份并在软件上署名的权利。
3.使用权，指通过复制、展示、发行、修改、翻译等方式使用其软件的权利。
4.使用许可权，即许可他人以一种或几种或全部的使用方式使用软件作品，并获得报酬的权利。
5.转让权，即软件著作权人将自己拥有的使用权、使用许可权和获得报酬权转让给他人的权利。转让后，受让人享受其中的财产权利。按照我国《计算机软件保护条例》，软件著作权登记主管部门由国务院著作权行政管理部门认定。按照《计算机软件著作权登记办法》的规定，国家版权局认定中国版权保护中心为软件登记机构，经国家版权局批准，中国版权保护中心可以在地方设立软件登记办事机构。中国版权保护中心是国家设立的综合性著作权社会管理机构和社会服务机构，其指导思想和根本宗旨是认真贯彻《著作权法》及其他保护著作权的法律法规，以维护著作权人及相关权利者的权益为中心，帮助他们正确地行使自己的权利，促进著作权在社会文化和经济生活中发挥作用，促进中国著作权产业的发展。同时，中国版权保护中心受国家版权局委托，行使机构改革前部分由国家版权局版权司行使的职能。
软件著作权登记证书的办理，一般是对计算机软件使用权的认定，相关事项的处理是需要提交上述不同的材料到有关部门来进行审查和认定的，但如果地方政府对该计算机软件登记有免税或者税收优惠政策，显然是可行的。
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