环境保护行政处罚程序暂行规定的法律依据是《环境行政处罚办法》，环境保护行政管理部门应当严格按照上述法规来对有关违法行为进行裁定处理，公民、法人或者其他组织违反环境保护法律、法规或者规章规定，应当给予环境行政处罚的，应当依照《中华人民共和国行政处罚法》和本办法规定的程序实施。实施环境行政处罚，坚持教育与处罚相结合，服务与管理相结合，引导和教育公民、法人或者其他组织自觉守法。
第四条【维护合法权益】实施环境行政处罚，应当依法维护公民、法人及其他组织的合法权益，保守相对人的有关技术秘密和商业秘密。
第五条【查处分离】实施环境行政处罚，实行调查取证与决定处罚分开、决定罚款与收缴罚款分离的规定。
第六条【规范自由裁量权】行使行政处罚自由裁量权必须符合立法目的，并综合考虑以下情节：
(一)违法行为所造成的环境污染、生态破坏程度及社会影响;
(二)当事人的过错程度;
(三)违法行为的具体方式或者手段;
(四)违法行为危害的具体对象;
(五)当事人是初犯还是再犯;
(六)当事人改正违法行为的态度和所采取的改正措施及效果。
同类违法行为的情节相同或者相似、社会危害程度相当的，行政处罚种类和幅度应当相当。
第七条【不予处罚情形】违法行为轻微并及时纠正，没有造成危害后果的，不予行政处罚。
第八条【回避情形】有下列情形之一的，案件承办人员应当回避：
(一)是本案当事人或者当事人近亲属的;
(二)本人或者近亲属与本案有直接利害关系的;
(三)法律、法规或者规章规定的其他回避情形。
符合回避条件的，案件承办人员应当自行回避，当事人也有权申请其回避。
第九条【法条适用规则】当事人的一个违法行为同时违反两个以上环境法律、法规或者规章条款，应当适用效力等级较高的法律、法规或者规章;效力等级相同的，可以适用处罚较重的条款。
第十条【处罚种类】根据法律、行政法规和部门规章，环境行政处罚的种类有：
(一)警告;
(二)罚款;
(三)责令停产整顿;
(四)责令停产、停业、关闭;
(五)暂扣、吊销许可证或者其他具有许可性质的证件;
(六)没收违法所得、没收非法财物;
(七)行政拘留;
对于环境保护行政处罚程序的认定是需要严格基于上述规定来进行处理的，特别是对于环境保护的有关违法行为，应当由行政管理部门根据实际的调查取证情况，并依据实际造成的违法事实后果来进行合法的判决处理。
