经过招投标的施工合同是必须要备案的，直接发包的施工合同无需经过备案程序。
《房屋市政招投标管理办法》第二条规定：“在中华人民共和国境内从事房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标活动，实施对房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标活动的监督管理，适用本办法。”
根据以上规定并结合该办法第四十七条可知，第四十七条规定并未以“依法必须招标”为前提，所以按照规定只要在中国境内的房屋建筑和市政基础设施工程，并通过招标程序进行发包的，无论是依法必须招标，还是发包人自主招标的工程，都应当在订立书面合同后7日内将合同进行备案。但是一般依法必须招标的工程都是在公共资源交易平台进行招标，行政监管部门也是通过该平台对招投标活动进行监督。而招标人自主招标的工程并不一定能被公共资源交易中心所受理，如果招标程序未进入公共资源交易平台，建设主管部门便无从监管，其无法知晓工程发包是否经过招标程序，也无法判断是否该进行备案。
法律法规并没有规定直接发包的工程需要进行合同备案，而且合同备案也仅是作为行政监管手段，并不影响合同效力。此外，按照《建筑工程施工许可管理办法》第四条规定：建设单位申请领取施工许可证，应当具备下列条件，并提交相应的证明文件：(四)已经确定施工企业。按照规定应当招标的工程没有招标，应当公开招标的工程没有公开招标，或者肢解发包工程，以及将工程发包给不具备相应资质条件的企业的，所确定的施工企业无效。……该规定并未要求施工合同必须经过备案。所以，直接发包的施工合同应是无需进行备案的。
但是某些地方的建设主管部门出于对行业管理的需要，仍将直接发包的施工合同列为需要备案的范畴，或者将办理施工合同备案作为领取施工许可证的前置条件，变相增加了即使直接发包的工程，其施工合同也必须进行备案的义务。
法律对施工合同履行备案义务的规定期限是招投标中标之日起15日内，并且备案要递交规定的书面材料和出具相关报告声明。建筑施工合同作为规范发包方和承包方法律权利和义务的证明文件，法律规定若施工合同经过了招投标流程则必须按规定备案。
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