主要有以下五个不同：
1、提交诉状不同。
对于刑事申诉，申诉人应当向人民法院提交“刑事申诉状”。对于民事申请再审，应当提交“民事再审申请书”。若当事人提交的是“民事申诉状”，应向其释明让其更改为“民事再审申请书”。
2、申请主体不同。有权提起刑事申诉的主体有当事人及其法定代理人、近亲属以及案外人。有权提起民事再审申请的有当事人及案外人。
3、申请客体不同。根据《刑事诉讼法》第二百四十一条，刑事申诉的客体是发生法律效力的判决、裁定。根据《民事诉讼法》第一百九十九条及二百零一条的规定，民事申诉再审的客体是已经发生法律效力的判决、裁定，以及有证据证明调解违反自愿原则或调解协议内容违反法律的生效调解。
4、申请期限不同。《人民法院再审立案意见》第十条规定了刑事申诉一般在刑罚执行完毕两年内提出。根据民事诉讼法的规定，当事人申请再审，应该在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出。
5、管辖法院不同。刑事申诉由终审人民法院审查处理。但二审法院裁定准许撤回上诉的案件，申诉人对一审判决提出申诉的，可由一审法院审查处理。当事人可以向上一级人民法院申请再审;对于当事人一方人数众多或当事人双方为公民的案件，也可以向原审人民法院申请再审。
法律依据：
《最高人民法院关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>的司法解释》第三百七十二条第一款
向人民法院申诉，应当提交以下材料：
(一)申诉状。应当写明当事人的基本情况、联系方式以及申诉的事实与理由。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百四十一条
当事人及其法定代理人、近亲属，对已经发生法律效力的判决、裁定，可以向人民法院或者人民检察院提出申诉，但是不能停止判决、裁定的执行。
二、申诉分为哪几种
申诉分两种：
一是诉讼上的申诉，是指当事人、被害人及其家属或者知道案件情况的其他公民，认为人民法院已经发生法律效力的判决或裁定有错误，向人民法院或者人民检察院提出要求依法处理，予以纠正的行为。
二是非诉讼上的申诉，是指公民或者企业事业等单位，因本身的合法权益问题不服行政部门的处理、处罚或纪律处分，而向该部门或其上级机关提出要求重新处理，予以纠正的行为。
诉讼上的申诉，申诉人申诉时，可以请律师给予帮助。民事案件和经济案件，还可以请律师担任代理人，代替申诉人申诉。对于非诉讼上的申诉，如果属于经济合同纠纷或者伤害赔偿等民事范围的问题，可用调解和仲裁方法解决的。
根据律师法和民事诉讼法的规定，申诉人可以委托律师担任其代理人;对于其他问题的申诉，律师只能代写申诉书和提供法律、政策上的意见，却不能接受委托而担任代理人。
申诉是指当事人及其法定代理人对已经发生法律效力的判决、裁定、调解，认为确有错误，向原审人民法院和上级人民法院提出的重新处理的一种诉讼请求。
在申诉期间，原判决、裁定不停止执行。
如发现申诉有理的，由法院院长提交审判委员会讨论决定是否再审。
在经过了对比之后，我们总结出申诉和申请再审之间的差异，分别实管辖法院、客体、主体、期限以及提交诉状的不同。而在申诉里面具体有分为了两类，即诉讼上的申诉与非诉讼上的申诉，通常是指公民或者单位不服行政部门的处理、处罚而提起的申诉。
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