中国发布了农村集体土地使用权登记发证的政策，该政策是针对农村集体土地的使用权和所有权。集体土地包括宅基地，建设用地农业用地以及未利用的土地。在实施的过程中也遇到了很多问题，那么在登记发证的过程中又具体遇到哪些问题呢？下面是小编收集整理的问题。
农村集体土地使用权登记发证存在的问题：
一是土地所有权和承包经营权确权发证分属国土和农业两个部门。根据国土资源部、财政部、农业部联合下发的《关于加快推进农村集体 土地确权 登记工作的通知》（国土资发[2011]60号）和国土资源部、中央农村工作领导小组办公室、财政部、农业部《关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》规定，农村集体土地所有权、集体建设用使用权和宅基地使用确权的登记发证属于各级国土资源部门负责。根据农业部等六部委办局下发的《关于开展农村土地承包经营权登记试点工作的意见（农经发[2011]2号）规定。农村土地承包经营权确权登记颁证工作属各级农业经营管理部门负责。目前，国土资源部门“三权登证发证”工作已基本结束，而农业部门的土地经营权确权登记试点工作，点上已取得了初步经验，面上正在扩试点，而且需要经五年时间才能完成此项工作，由于分属两个部门管理，工作中存在交叉和不协调现象。如金安区马头镇在土地承包经营权登记中，实测面积为45690.22亩，比二轮承包登记面积31150亩多出了14540.22亩，多出比例达46.7%。这样就和土地所有权确权登记有较大差别。又如埇桥区灰古镇小童村民组，经营承包数量是确权到村民组，就与国土部门所有确权到村有很不一致。
二是农村集体土地所有权发证主体不明确。根据《土地管理法》和国土资发[2011]178号文件要求，“属于村民小组集体所有的土地应由其集体经济组织或村民小组依法登记并持有土地权利证书”。但目前，国土部门土地所有权全部确权到村。由于缺少集体经济组织代表，均由村委会代为申请登记、保管土地权利证书。
三是农村集体土地和宅基地权属尚不明晰。宿州市埇桥区因四邻里纠纷不清而不发宅基地使用证的有16809宗，而且宅基地仅仅是使用权，既无法流转，也无法退出。农村集体建设用地如村委会、学校、医疗室等因无建设用地指标而无法发证，该区不符合发证条件计有18宗。这样，就离今年中央一号文件要求的“归属清晰、权能完整、流转顺畅、保护严格”农村集体产权制度相差甚远。
二、确权登记认识尚不统一、基层推动此项工作的积极性不高
一种认识是多此一举。我们在调查中发现，不少同志认为，土地承包经营权确权发证意义不大，作用不明显。这次承包经营权发证，主要是解决承包地块，面积、合同证书没有落实到户和四至不清的问题，而有些问题在二轮承包中已经解决，特别是2004年实行的中华人民共和国《农村土地承包经营权证管理办法》中，对承包经营权证书的内容、条件及换发、补发等都作了明确规定，只要认真检查落实这个管理办法就可以了，再花费很大的物力、财力搞确权颁证工作，实在是多此一举，起不到多大作用。
另一种认识是目前土地所有权确权到村，产权仍然是虚置，不如一次确权到户，即土地所有权私有化。目前的确权到村委会，产权仍然不明晰，没有财权主体代表。如果按市场经济原则，不如一次将所有权确权到户。但这样做又与目前的中国的政治制度和宪法相违背，而且也无法避免土地兼并、农民破产等问题发生。
再一种认识是怕影响农村稳定。按照这次承包经营确权登记要求，要全面丈量土地，明确地块四至不清等问题，就会引发很多矛盾。农民以为农村也要重新调整土地了，纷纷提出要求分地的要求。由于农民承包土地有国家补贴等利益的驱使，再加上对确权登记的预期，农民更看重土地，很多原有的矛盾突发，就很影响农村稳定，影响农村干部的政绩。因此，地方政府和基层干部都认为这项工作难度大，吃力不讨好，影响农村稳定，积极性普遍不高。再加上中央要求此项工作五年内完成，都在等待观望，走一步、看一步，工作推动的力度不大。
三、确权登记中遇到的政策性矛盾突出，工作力量和投入经费严重不足
一方面，在确权登记过程中一些深层次矛盾开始突显。如，土地二轮承包后，中央明确承包土地“三十年不变”。1996年以后出生的人口基本没有分到承包地，确权中不少农民提要求新分承包地，再如出嫁女，娶媳妇、分家等因素，造成有地无证、有证无地、一地多证、一证多地的情况，不少农民要求重新调整承包地；又如一些地方擅自作出的土地“小调整“，给这次确权工作也带来一定的困难，农民要求解决利益不均衡的问题。再如，目前实施的土地整理项目，改变了原先的沟、渠、路、坝，打破村组之间的范围，地界也发生了新变化。少数农民仍要自己原来的承包地，造成新的矛盾需要协调解决。此外，由于大量农民工外出务工，承包地权属确认，找不到人签字，造成了一定工作难度。还有些历史原因造成的土地承包权属问题，因二轮承包时期没有解决，这一次则要彻底解决这些问题、难度不大。
另一方面，确权登记工作量大，也需要大量的经费投入。国家资源部门从到下都有管理机构和工作人员，乡镇有土地所和在编干部，再加上目前的“三权”发证只到行政村，确权登记的问题还不是很大。而土地承包经营权确权就不一样了，面对千家万户，就需要一大批工作人员和专门工作机构来运作，农村这方面的机构和人员非常欠缺。宿州市农村综合改革后，除埇桥区、泗县乡镇有经营站外，其它县、乡镇都没有经营站机构和工作人员。埇桥、泗县的经管站，也只有一、二个人，而且主要任务是搞中心工作，也没有把力量用在经管工作上，这种情况，在安徽全省普遍存在，如不健全工作机构，加强力量，确权登记工作任务是很难完成的。
农村土地承包经营权确权登记，需要经过一系列程序和流程规范。如要经过调查摸底、影像解释、制作宗地图、信息录入等14步工作流程。解决四至不清问题，就需要航拍彩图，要有不低于1∶2000的正影像图，还要有人到现场勘测。这一些程序和规范，都需要开支大量费用。据金安区马头镇实际工作计算，不算村、组干部和实测人员的工资，确权登记每亩需经费40元左右。安徽省全省8845万亩耕地，完成确权登记就需要30-40亿元。这样，平均每个县要投入4000万元左右。而且，这项费用和资金都属于各级地方财政支出。中央规定的确权登记补助经费仍未兑现，各级政府的确权费用也一时无法落实。
四、确权登记发证的后续工作亟待加强，相关政策调整尚未及时跟上
一是土地颁证和土地流转中尚有一些政策需要明确。我们所调查的市县中，除土地所有权证书已发到村外，集体建设用地和宅基地使用证有些还未颁发。如集体建设用地指标尚未落实、宅基地因为有些政策不明确也未发证。农村土地承包经营权证目前尚未颁发。主要是多出的土地面积如何登记问题尚未有明确的政策界定。另外，由于土地确权后，实际面积大于二轮承包地面积，有些农民要求确权给他，同时要求国家按实际面积发给补贴。对于已流转出去的土地，要求承租土地流转的大户，按多出的面积补给承包费，从而又引发了是否调整承包合同的法律问题。
二是土地确权后的相关改革以及与之相适应的新型合作组织尚待培育。江浙一些发达地区土地确权后，土地股份制合作社、集体社区合作社相继成立。安徽这方面合作组织虽然有一些，但尚未形成气候。我们在小岗村调研时，曾探讨能否用土地入股成立股份合作社问题时，县、乡、村干部都摇头、摆手，认为很难。
三是土地承包经营权的财产性功能尚未完全体现。随着土地承包权确权发证，就应当强化承包权的物权功能。一方面，对整家迁出的农户可有偿退出土地承包权，获得财产收益。另一方面，农户已取得经营承包权也可以向其它经营主体自由流转，获得经营方面的收益。因此，探索建立土地所有权、承包权和经营权三权分离的农地制度亟待研究解决。
对于农村集体土地登记发证的实施，农民的积极性就不高，所以需要加大力度宣传，在村民之间形成重要性的共识。村民积极性上涨了，相关工作人员的工作也要落实到位，切实做好确权登记相关配套和后续工作。
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