原因有多种;土地有纠纷、欠缴土地出让金、欠缴土地租金、房产证与土地证的权利人不是同一权利人、集体土地上的房屋转卖给非本集团成员的、林地及法律法规明确规定不允许买卖的土地等等。另外，土地证是经过从下到上多级部门审批通过后的使用证明。有了土地证才能办理房产证。没有通过审批的就不能办理土地证。
如果是商品房，在房屋开工建设前应当已经取得五证，其中就包括土地使用权证。个人买的房子只有房产证，土地使用权显示在房产证中有一栏叫宗地证号的地方，这是整个小区的土地号，如果你这个房产证上这一栏是空的，就有可能是五证不全的房子。
业主可以依据合同，双方签订的商品房买卖合同约定的，房屋所有权证和土地使用证，它如果违反了规定去履行办证的义务，它要承担责任，当然像城市房地产管理法，以及最高人民法院关于审理商品房司法解释都讲到了房屋所有权证，没有提到土地使用证，但是房屋的建立是在土地之上的，如果没有土地使用权根本就谈不上房屋所有权，而在有一些地方房屋所有权和土地证必须都要去办理的。在合同当中应该有约定，什么时候办理房产，什么时候办理土地使用权证，严格上说，土地使用权正应该在房屋竣工之前就应该分割好，大土地使用权开发企业，最后分割到小的业主都应该要分割、预售。
《国有土地使用证》是证明土地使用者(单位或个人)使用国有土地的法律凭证，受法律保护。城镇住房用地登记发证的范围包括城镇房改房、经济适用住房、商品房和其他住房用地，它是房屋所有权和国有土地使用权发生转移后的变更土地登记，发证对象为拥有房屋所有权的住房产权人。
对于土地使用证的办理有着一定的法律基础，所以对于有关的问题解决需要自己进行法律的遵循，这样对于自己的利益维护就会有着重要的有意义，但是最为关键的就是自己要清楚土地使用的办理是否符合国家的有关规定，这样对于自己的利益维护才会更加有效。
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