先由用地单位将款项打到政府的帐上,再转由政府支付给村民.
法律依据有：《中华人民共和国土地管理法》第四十七条 国家征收土地的，依照法定程序批准后，由县级以上地方人民政府予以公告并组织实施。被征收土地的所有权人、使用权人应当在公告规定期限内，持土地权属证书到当地人民政府土地行政主管部门办理征地补偿登记。
宪法第十条规定：国家为了公共利益的需要，可以依照法律规定对土地实行征收或者征用并给予补偿。据此，征收和征用都是国家行为，补偿费自然也有国家支付。
征地补偿款应当是直接发给被征地农民和农民集体。国务院办公厅《关于规范国有土地使用权出让收支管理的通知》，有条件的地方，土地补偿费、安置补偿费以及地上附着物和青苗补偿费等相关费用中应当支付给被征地农民的部分，可以根据征地补偿方案，由集体经济组织提供具体名单，通过发放记名银行卡或者存折的方式直接发放给农民。
国家建设依法征用集体土地时付给被征地者补偿所丧失的土地权利的费用。其计算方法是：
《土地管理法》第四十八条
征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。
征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。
征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。
县级以上地方人民政府应当将被征地农民纳入相应的养老等社会保障体系。被征地农民的社会保障费用主要用于符合条件的被征地农民的养老保险等社会保险缴费补贴。被征地农民社会保障费用的筹集、管理和使用办法，由省、自治区、直辖市制定。
准确的来说，国家哪个行政单位要用地就由该行政单位来承担征地补偿费，这些不是民众要担心的事情。另外，用地单位可能或者说肯定也没有数额如此之大的征地补偿费，所以都是确定了征地补偿需要的具体标准之后，有单位逐层上报，征地补偿的经费都要经过审批以后才能由上级单位直接转给下级单位的。
延伸阅读：
征地补偿款分配时,如何处理?
