一、 与拆迁方签订的补偿协议上只有本村的公章，这是否合法?
具体情况具体分析。
《土地管理法实施条例》第25条规定，市、县人民政府土地行政主管部门根据经批准的征收土地方案，会同有关部门拟订征地补偿、安置方案，在被征收土地所在地的乡(镇)、村予以公告，听取被征收土地的农村集体经济组织和农民的意见。方案报市、县人民政府批准后，由市、县人民政府土地行政主管部门组织实施。
另外，《征收土地公告办法》第7、8条也对征地补偿、安置方案的公告及其内容作了明文规定。被征地农民如果对方案有不同意见则有权要求举行听证会，当地国土部门应当组织听证会并根据意见对方案作合理合法的修改。
根据《土地管理法》及其实施条例和《征收土地公告办法》的相关规定，征地补偿、安置方案经批准后，由有关市、县人民政府土地行政主管部门具体实施该征迁范围内的工作。根据上述规定，一般是由市、县人民政府土地行政主管部门或者其委托部门作为主体与被征收人签订补偿安置协议。
也就是说，村委会或者农村集体经济组织在这一步骤中所处的法律地位与被征地农民是相类似的，应当是提意见、要求听证。
在征收补偿上，必须有被拆迁人的签字，和实施征地拆迁的市县级人民政府的盖子签字，该份征收补偿协议才能对被拆迁人产生法律约束力。
在征收拆迁的实践中，确实出现了很多被拆迁人的征收补偿协议并没有地方政府的公章，而只是由村集体、村委会来签字协商。像这样的情况，一旦出现问题，比如被拆迁人说我的补偿太低了，当初村委会说的可不是这么点补偿，要求提高的时候，拆迁方就会以并不是由有权机关作出的承诺为由，不支持被拆迁人的诉求。这样的话，被拆迁的人利益就会受到很大的侵害。
事实上，由政府盖公章、签字的补偿协议确实也不多，毕竟政府并没有那么多的精力来同每一个被拆迁人进行协议的签订。于是，政府便会将部分权力委托给其他单位实施。也就只有在这样的情况下，村委会与被拆迁人的签字盖章是有效的。
村委会、村集体与被拆迁人签订补偿协议时，一定要要求村委会、村集体出示由政府出具的授权委托书。如果村委会不出示，作为被拆迁人是可以拒绝签字的。在无法证明村委会、村集体是拆迁方还是被拆迁方代理人的情况下，不要签署任何的文件，从源头上杜绝空白签字。
延伸阅读：
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