公民应当与政府的土地管理部门签订征地补偿协议，因为土地的所有权是属于国家的。据我国现行法律规定，房屋征收部门应当是事先由市、县级人民政府确定的负责组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作的部门。政府征收集体经济组织的地，就只需要和政府(或者国土管理部门)签协议就好。
二、土地征收应当严格按照法律程序签订征地补偿协议，具体程序为：
1、市、县国土资源局在被征用土地所在地的村范围内发布征地通告，告知被征用土地的村集体经济组织和村民：征地范围、面积、补偿方式、补偿标准、安置途径以及征地用途等。通告后抢栽、抢种的农作物或者抢建的建筑物不列入补偿范围。
2、市、县国土资源局会同被征地所在地的乡镇政府就征地通告的内容征询村集体经济组织和农民的意见，有不同意见的应记录在案，根据村委会或村民提出的意见分别处理并协调解决。
村委会或村民对补偿标准、安置途径、补偿方式有异议的，市、县国土资源局或被征地所在的乡镇政府，应告知被征地相对人有权提出听证申请，并依法组织听证。
3、市、县国土资源局会同被征用土地的所有权人、使用权人实地调查被征土地的四至边界、土地用途、土地面积，地上附着物种类、数量、规格等，并现场填制调查表一式三份，由国土资源局工作人员和所有权人、使用权人共同确认无误后签字。
4、被征地农村集体经济组织或者村民委员会应当就协议主要内容按照村民大会或者村民代表大会议事程序等民主程序作出决议。
村委会作为被征收主体的，签订协议后，农村集体经济组织或者村民委员会应当向农村村民公示征地补偿安置协议。
需要明确的是，根据我国的相关法律规定，国有土地的所有权永远都是属于国家的，所以在征收土地时，公民应当与政府机关的土地管理部门签订征地补偿协议。另外，在签订征地补偿协议时，应当就征地补偿的相关情况进行明确，对征地补偿的方式和标准进行说明，避免出现矛盾和纠纷。
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