海关行政诉讼的审理程序包括第一审程序、第二审程序和审判监督程序。当然这三者并非每一起行政诉讼案件都会出现，其中只有第一审程序是必经的，是全部审判程序的基础。
简单地说，第一审程序是人民法院受理海关行政诉讼案件后审理该案适用的程序，由于根据法律规定海关行政诉讼案件只能适用普通程序，也就是应当包括开庭前的准备、法庭调查、法庭辩论、合议庭评议、宣告判决等阶段。
如果第一审中的当事人对第一审的裁判不服，依法提起上诉的，就使得案件进入第二审程序，也可称为上诉审程序或者终审程序。在第二审中，其审理不一定必须开庭，对事实清楚的案件，可以实行书面审理，第二审法院作出的裁判，属于终审裁决，不得再提起上诉。
行政诉讼审判监督程序，就是人民法院根据当事人的申请、检察机关的抗诉或者人民法院自己发现已经发生法律效力的判决、裁定确有错误，依法对案件进行再审的程序。
