海事行政处罚程序，均适用《中华人民共和国海上海事行政处罚规定》第四章的规定。根据具体情况有简易程序和一般程序：
一、简易程序
(一)适用范围。违法事实确凿并有法定依据，对自然人处以警告或50元以下罚款，对法人或其它组织处以警告或1000元以下罚款的海事行政处罚，可以当场作出海事行政处罚决定，即简易程序。
(二)程序的办理。海事行政执法人员依法当场作出海事行政处罚决定，应当遵守下列程序：
1.向当事人出示海事行政执法证件，告知当事人作出海事行政处罚决定的事实、理由和依据以及当事人依法享有的权利。
2.听取当事人的意见，复核当事人提出的事实、理由和证据。
4.当事人在当场海事行政处罚决定书上签字，将“当事人留存联”交当事人。
5.执法人员在规定时间内将海事行政处罚决定书“执法机关留存联”报所属海事管理机构备案。
二、一般程序
(一)适用范围。除依法可以当场作出的海事行政处罚外,发现自然人、法人或其他组织有依法应当给予海事行政处罚行为的，适用一般程序。
(二)程序的办理。
1.立案。自发现海事行政违法行为之日起7个工作日内立案。
2.调查。指定2名以上无直接利害关系的海事行政执法人员担任调查人员，出示海事行政执法证，对当事人进行询问、调查或检查，收集相关证据，制作询问笔录或勘验笔录或检查笔录。对易灭失难取的证据，先行登记保存，制作证据登记保存清单，并在7月内对保存证据作出处理决定。制作《海事违法行为调查报告》，连同海事行政违法案件立案呈批表和证据材料，移送海事管理机构法制部门(海事处为法规员)进行预审。
3.审查与决定。海事管理机构法制部门(海事处为法规员)进行预审后送海事管理机构分管负责人审查，根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十八条的规定作出行政处罚决定、不予行政处罚决定、举行听证或移送其他有关机关处理的决定。对自然人罚款或没收非法所得数额超过1万元，对法人或其他组织罚款或没收非法所得数额超过3万元，以及撤销船舶检验资格、没收船舶、没收或吊销船舶登记证书、吊销船员职务证书、吊销海员出境入境证件的海事行政处罚，由海事管理机构负责人集体讨论决定。
4. 制作并送达《海事违法行为通知书》。海事管理机构负责人对海事违法行为调查报告审查后，认为应当处以行政处罚的，负责案件调查的海事行政执法人员应当制作《海事违法行为通知书》送达当事人，告知拟处以的行政处罚的事实、理由和证据，并告知当事人有权在收到该通知书之日起3个工作日内进行陈述和申辩，符合听证条件的有权在收到该通知书之日起3个工作日内提出听证要求。当事人应当在《海事行政处罚文书送达回证》上签名或盖章。当事人提出陈述和申辩其事实、理由或证据成立的应予采纳，要求组织听证的进入听证程序。
5.制作并送达《海事行政处罚决定书》。海事行政执法人员制作《海事行政处罚决定书》，加盖行政处罚专用章，应当在宣告海事行政处罚决定后当场交付当事人(当事人提出当场缴纳罚款的应由其在海事行政处罚决定书上签字注明)，由当事人在送达回证上签名或盖章;当事人不在场的，应当在7日内依法采取其他方式送达当事人。
6.执行。当事人应当自收到《海事行政处罚决定书》之日起15日内，到指定的银行缴纳罚款。有下列情形之一时，可以当场收缴罚款：当场作出行政处罚决定时，依法给予20元以下的罚款的;当场作出行政处罚决定时，不当场收缴事后难以执行的;在边远、水上、交通不便地区，当事人向指定的银行缴纳罚款确有困难，提出当场缴纳罚款要求，并在处罚决定书上签名的。当场收缴罚款的，应向当事人出具符合法定要求的罚款收据。被处以扣留证书的，当事人应当及时将被扣留证书送交作出处罚决定的海事管理机构。
综上所述，因为海事区域的行政纠纷很容易就涉及到国外的船只或者公民而总是会出现管辖的问题，所以就需要另外设定规章来规范海事方面的行政处罚的适用范围以及主体，但是与内陆的部分相同的就是程序依旧是需要从通知开始一直到执行结束。
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