1、公司决定设立分公司的，应按期办理登记手续，使其规范运作;决定不设立的，也应尽快终止设立活动，撤销相关文件，清退相关人员，决不能拖泥带水。因为在分公司设立过程中所产生的相关债权债务要由做为“发起人”的本公司来承担责任。一般来说设立分公司的，应当自决定作出或有关部门批准之日起30天内向公司(企业)登记机关申请登记。
2、分公司负责人的选聘。分公司负责人可以说是分公司的核心部分，其对分公司的整个经营运作起到很关键的作用，其个人的行为往往就是代表分公司的行为。所以在确定人选时要非常谨慎。对不熟悉的人，在任命之前，一定要对其个人资信作一个全面的调查了解。特别在有挂靠、承包性质的分公司中，对主动上门寻求合作者，更不能只听其片面之词，而应对事对人都进行详细调查，必要时也可要求其提供一定的担保，明确双方之间的权利义务，以防上当受骗。
3、规范分公司会计财务制度。由分公司会计人员做帐，本公司财务部做汇总与财务分析。依照规定，本公司应直接负责对分公司员工的招聘，所以，要用好人事权，对于像会计等关键的职员，应由本公司统一指派或招聘、管理，使其能独立于分公司负责人，以免在财务上发生问题，损及公司利益。像震撼股市的郑百文公司倒闭事件，倒闭的原因之一即为分公司的财务制度不健全，呈现在帐面上的逾期帐款如同天文数字一般。
4、明确本公司对分公司的指挥流程与分公司向本公司的报告流程。虽说分公司是在本公司之外的区域相对独立的经营，但其作为本公司经营的一种延伸，其民事责任仍由本公司承担，所以双方不应各自为政，而应建立密切的联络机制，使本公司能对分公司进行有效的操纵，例如可规定对分公司大笔额的借贷等资金流动，明确应由本公司批复认可，否则由相应的人员承担不利后果。
2、分公司没有自己独立的财产，与隶属公司在经济是统一核算，其在经营活动中的负债由隶属公司负责清偿。其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
3、分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。
4、分公司不独立承担民事责任，没有自己的章程，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关;
5、分公司没有独立的名称，其名称只要在总公司名称后加上分公司字样即可。
如果分公司实际经营过程中乱七八糟的，最后一定会连累到总公司的，所以，规避风险的方法主要还是在总公司的。虽然总公司应该尊重分公司的自我管理权，问题是制定一套成熟完善的分公司管理制度也是很关键的。
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