发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决;不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。
双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故登记以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
1、申请
告知权利：医疗事故争议处理有三条途径：医患双方协商解决、申请卫生行政部门行政处理或向人民法院提起民事诉讼，争议当事人可自行选择。
提出申请：争议当事人申请卫生行政部门行政处理的，争议医疗机构所在地的区(县)卫生行政部门提出申请，填写《医疗事故争议处理申请书》，并提交相关材料。
2、审查
审查人员对申请材料的完整性、合法性进行审查，审查的内容包括：
(1)申请处理的医疗事故争议，是否属于本级卫生行政部门管辖范围;
(2)发生“医疗事故争议”的医疗主体方，是否具备法定的行医资格;
(4)是否符合法定：的申请处理时限;
(6)是否向人民法院提起诉讼;
(7)其他。
对符合规定的申请予以签收，并签送受理人员审核。
3、受理
受理人员对申请材料审查，在自收到符合规定的申请10日内作出是否受理的决定。对符合申请条件的，予以受理，填写《医疗事故争议处理申请受理通知》通知申请人;对不符合申请条件的，不予受理，填写《医疗事故争议处理申请不予受理通知》通知申请人。
4、移交
受理后，需要进行医疗事故技术鉴定的，卫生行政部门应自作出受理决定之日起5日内，填写《医疗事故技术鉴定移交书》和有关材料交由区医学会组织鉴定，并填写《医疗事故争议处理申请受理决定书》通知申请人。
三、卫生行政部门对医疗争议处理申请审查的内容
(一)申请处理的医疗事故争议，是否属于本级卫生行政部门管辖的范围;
(二)发生“医疗事故争议”的医疗主体方，是否具备法定的行医资格，对非法行医活动引起的争议事件卫生行政部门不能按医疗事故争议立案受理;
第一，是对患方申请人的认定，是否符合《医疗事故处理条例》规定的处理申请人资格;
第二，对医疗机构申请人的认定，如果申请人是医疗机构应当出具医疗机构法定代表签发的申请书和机构执业许可证复印件，以确认其是否为合法医疗机构;
(四)是否符合法定的申请处理时限，依据《医疗事故处理条例》规定，医疗事故争议的处理申请，应当在知道或应当知道其身体受到伤害1年内提出，没有正当理由在1年后提出的处理申请不予受理;
