继小儿腹腔镜技术应用于先天性幽门肥厚成功之后，小儿微创技术相继被成功应用于先天巨结肠、肛门直肠畸形、十二指肠梗阻、肠闭锁、肠旋转不全、胆总管囊肿、胆道闭锁等，至今已普及开展。其中应用于胎儿消化系统疾病的微创手术占绝大多数，因此在诊断出胎儿消化系统疾病后在考虑出生后的治疗时，都应该常规考虑微创手术，其治疗效果都优于传统的开放手术。但选择微创手术的前提是操作者需要有专业的小儿腔镜技术和实践，尤其是刚刚开展小儿腔镜技术的单位需要有一条成长的学习曲线。通常如果医生没有40例以上的单病种练习和实践往往达不到通过微创手术解决问题的能力，父母需要慎重选择。
胎儿消化系统疾病的微创手术实施的另一个重要因素是微创器械的准备。小儿外科手术的器械大多从成人外科手术的机械衍变而来，都是将成人外科手术的器械改变为小一个号的，但也有通用的，如5mm的镜子即可以用于成人外科手术，也可以用于小儿外科手术。而对于新生儿外科手术，最好选用3mm的镜子和2mm或3mm的操作钳，以适应新生儿外科的微创需求。如果器械的要求达不到新生儿外科手术的要求，则事倍功半，不如采用传统的开放手术。因为每一个医生只有用自己最熟悉的方法才能使患儿获得最大的收益。
微创手术在新生儿期实施的另一个重要因素是新生儿麻醉，这也是作为家长必须要了解的。由于新生儿体重轻，特别是早产儿，体重更轻，这就需要麻醉师十分小心地实施呼吸和血管的麻醉管理，而微创时的体位、腔镜的气体压力、呼吸机的参数管理等都直接影响微创手术能否顺利开展。因此小儿外科微创手术在胎儿消化系统疾病的应用方面尚有更多的空间和领域需要开拓。
