当前，校本课程开发呈现数量不断增多、质量日益提高的局面。但是，有的学校仍然存在肤浅化的问题，主要表现为三种情况：一是将校内不属于国家课程和地方课程的自设课的教案、课件、微课和资料汇编当作校本课程；二是将学校特色化办学系列活动的规划、计划、方案、过程材料和总结等作为校本课程；三是将学校自编的课本（学生用书）作为校本课程。
教育部于2011年印发的《义务教育课程设置实验方案》规定，地方与学校课程的课时与综合实践活动的课时共占总课时的16%—20%。因此，校本课程应该依据课程设置方案要求，列入课程计划及课程表，可供学生选择，但应具有目的性、计划性、周期性，并重视测量评价等。
第一，校本课程的开设必须为落实育人为本的办学宗旨服务，将为了每个学生的全面发展与个性发展作为校本课程开设的目标。切不可为了所谓的特色化办学服务，不能为了打造学校特色（或发挥某位教师个人特长）而开设校本课程。
第二，校本课程的开设应该按照本学段学校课程设置方案，与国家课程和地方课程一并，从学段、学年、学期做出总体安排，列入教师和学生的课程表。那种临时安排、随意性强的校内教育教学活动，本质上不是课程。
第三，校本课程的周期性至少包括两层意思：一是校本课程不是“昙花一现”，需要经历一定的实施周期，并在实施过程中不断改进、完善和优化；二是校本课程的开设需要长时间的检验，通过课程评价来诊断、挖掘和研究，促进其可持续发展。
第四，校本课程设置的目标取向以促进学生的个性发展为主，这就决定了其必须具有选择性，也就是让学生根据自己的志愿选课，选课人数达到一定数量后，才准许开课。所以，学校要在前期将拟设校本课程向学生和家长公开说明，引导学生选课。
第五，校本课程还必须与国家课程和地方课程一样，进行诊断性测评、形成性测评和终结性测评。其诊断性测评结果是设课教师因材施教的依据，形成性测评和终结性测评是确保校本课程地位和彰显其育人价值的必要行动。
