阿米巴并不把考核结果和个人以及团队的收益挂钩。阿米巴的奖励是做得好的领导人得到提升，承担更大的责任，有更大的事业舞台。阿米巴经营模式的业绩核算，主要针对经营效果和员工的努力成果，而业绩核算的意图是激励员工，培养与企业家理念一致的经营人才是最终目的。
通过阿米巴经营可以达到三个目的，第一个目的是“确立与市场挂钩的部门核算制度”；第二个目的是“培养具有经营者意识的人才”；第三个目的是实现“人人成为经营者”。
阿米巴领导人的激励机制，主要有如下特点：
明确阿米巴领导人的权限
公司由多个独立核算的阿米巴来经营，各个阿米巴组织就像是一家家的中小企业，在保持活力的同时，以“单位时间核算”这种独特的经营指标为基础，充分发挥每一个员工的智慧，追求附加价值的最大化。
在竞争日益激烈的产品和有偿服务市场，企业面临最大的挑战就是如何快速的扩大企业规模，如何让公司品牌具有更多的市场竞争力和知名度。如果一个个阿米巴组织的规模能够快速地扩大，公司的规模自然就扩大了。所以，公司要求把每一个阿米巴当成一个小的公司来经营，这就要求阿米巴领导人要有独立核算和经营的意识。
企业需要确定阿米巴领导人的权限（决策权）——如人事组织权限、财务权限、业务权限等。阿米巴领导人就会树立起经营者的意识，进而萌生出作为经营者的责任感，尽可能地努力提升业绩。
信任阿米巴领导人的能力
阿米巴经营是从公司内部选拔阿米巴领导人，并委以经营重任，从而培育出许多具有经营者意识的领导。阿米巴经营模式的基础在于对阿米巴领导人的信任。相信阿米巴领导人的能力，把经营建立在互相信任的基础上，这是实现阿米巴经营的最基本的条件。
阿米巴模式的另一个重要特点是 “充分授权”。在阿米巴模式中，充分授权的最终目的，其实在于培养阿米巴领导人，激发每个员工的创业热情，挖掘员工的企业家精神。在“人人成为经营者”的理念中，员工必定会备感尊重，而将自己毕生的智慧与心血投入到自己的事业中去。
唤醒阿米巴领导人的激情和梦想
员工真正想去做一件事情的时候，才能产生无穷的的力量。要想成就一番事业，首先要有激情，只有胸怀激情的人去努力才能取得成功。而阿米巴的经营模式核心就在于唤起每位员工心中的创业激情与企业家精神。
要想唤醒阿米巴领导人的激情和梦想，企业必须有远大的战略目标，而公司价值观必须引起阿米巴领导人、员工的共鸣，这是一个非常好的开始。阿米巴经营模式意在最大限度地释放员工的创造力，把大公司的规模和小公司的好处统揽于一身。公司制定出长远的战略发展目标，再制定出阿米巴的经营目标，把大家的力量凝聚在这个目标上，让阿米巴领导人按月进行核算管理，最终完成年度经营目标。
让阿米巴领导人身先士卒地实践
企业奖励阿米巴独立核算管理机制，从而能够准确地掌握各阿米巴的经营状况。同时，坚持玻璃般透明的经营原则，让所有人都能清晰地了解阿米巴的实际情况。
阿米巴组织在业务快速扩大的过程中，员工可以一目了然地掌握所有阿米巴的经营状况。这有助于准确、迅速地做出经营判断。当阿米巴员工，特别是阿米巴领导人能够正确理解阿米巴经营，他就能够身先士卒地认真加以实践，不断为创造高收益而努力。
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