1、形态的区别。生蚝比牡蛎大，比较大的生蚝带壳能有一斤多，可以说是巨无霸了，而牡蛎只有2两左右，体型差别很大。而生蚝的价格和鲍鱼一样，越大越贵，一斤以上的生蚝都是按个卖的，一个至少一百元往上。而牡蛎都是按斤称的，一斤十元左右。
2、口感的区别。生蚝体型大，所以它的肉比牡蛎更多，吃起来更加厚实饱满，口感更优，但牡蛎就没那么多肉了，不如生蚝好吃。
3、营养的区别。生蚝、牡蛎都含有大量的蛋白质、矿物质，营养价值都很高，都含有钙、磷、钾、镁、钠、锌等，但就锌含量而言差别巨大，按每百克来说，生蚝含有71.2毫克锌，而牡蛎只有9.39毫克，生蚝是普通牡蛎的7.6倍，是锌含量最高的食物。
4、分布的区别。牡蛎一般分布在潮间带，以及潮下带水深不超过10米的海域，而目前养殖的牡蛎一般生活在海区水深在8m以上的海水中，尤其在寒冷、咸度高的海水中，味道越鲜美。而生蚝也有自然、人工养殖2种，不过都分布在在江河与大海交汇处、半咸半淡的浅弯内，环境受到限制，所以数量比牡蛎少一些，价格自然就比牡蛎贵一些。
