融资融券交易虽然具有很多优势，但这一制度的弊端也是不容忽视的。融资融券交易具有较大的风险管理性和投机性。如果融资融券过度，会形成股市上虚假繁荣，人为地促使股价巨大波动。因此，应加强融资融券交易风险管理管理与控制。
1、加强对客户资质的审查力度
应制订融资融券交易客户选择的标准和开户审查力度，并建立客户信用评估制度，从而加强对客户信用风险管理的控制，投资者进行融资融券交易时，投资银行要对投资者的财产和收入情况、信用状况、过去的交易记录进行严格审查，筛选出可以进行融资融券交易业务的客户，建立一道有效的防火墙。进行有效的风险管理。
2、建立单只证券的信用额度管理制度
市场风险管理可能会导致市场波动、交易异常等问题，一般证券交易所通过对单只证券的信用额度的管理，限制单个证券的信用交易量占公司所有流通证券的比例来控制市场风险管理。
3、对融资融券业务进行集中监控
投资银行要根据自身自有资金和证券状况，合理确定融资融券的总规模，规模一旦确定不得随意扩大，并且投资银行应通过技术手段进行集中控制和风险管理动态管理。通过集中监控及时查询各项风险管理控制指标、客户信用资金帐户的资金余额及变动情况、证券市值及变动情况，随时监控客户帐户的质押比例、警戒线和平仓线等。
4、制订完善的业务操作流程
融资融券业务基本操作流程包括评估融资融券额度、进行融资融券交易、实时风险管理控制、归还资金、补足担保品或平仓等环节。券商应严格按照监管部门的规定，制订融资融券业务每一个环节的详细业务操作制度和业务流程。同时加强内部控制。对重要的业务流程环节采用双人双岗。加强监督与制约。加强对相关业务部门人员进行管理制度和业务知识的培训教育，同时设立专门机构对融资融券管理部门的业务操作进行定期检查和不定期抽查。
如何充分利用融资融券交易机制，实现投资者投资智慧的更高“溢价”，笔者认为，做好风险管理控制是第一要务，应对融资融券交易风险管理应从以下几方面入手。
1、理解融资融券的交易机制与规则，客观评价自身的风险管理承受能力
投资者在参与融资融券交易前，要全面、正确地理解“买空”、“卖空”的交易机制，充分认识“买空”、“卖空”交易中的业务风险管理，尤其是杠杆交易放大投资亏损的风险管理特性；认真学习融资融券相关法律法规、业务规则，理解券商融资融券合同和风险管理揭示条款。
融资融券实质是一种负债经营，投资者必须要将“买空、卖空”交易规模控制在自己的风险管理承受范围之内。在融资融券交易中，杠杆比率(即收益或亏损的放大倍数)与保证金比例、可冲抵保证金证券的折算率有关系，保证金比例越低，折算率越高，杠杆比率越高，风险管理就越大。实际操作过程中，投资者可根据自身实际情况，适当减少融资融券授信额度申请，或者部分使用授信额度，以控制风险管理。
2、立足自身投资分析水平的提高，树立正确的投资观念
融资融券交易是建立在对未来投资预期的基础上衍生出来的一种金融工具，正确判断市场及个股价格的运行方向是交易获胜的关键，因此，投资者应充分地了解、研究市场，注重自身投资分析水平的提高，树立正确的投资观念。
提高自身的投资分析水平，具备对市场敏锐判断力，主要应从两个方面入手：一是坚持不懈地学习证券投资分析的各种理论与方法，包括国家宏观经济运行、宏观经济政策、公司经营及景气度为基础的基本分析理论、研究市场大众行为的股票市场心理学、以及以历史规律来判断未来的价格走势的技术分析法等，并养成持续关注与研究市场的习惯；二是不断总结与思考投资过程中的得与失，不论投资成功还是失败，都应总结经验、思考原因，趋利避害，在实战中提高自己的市场预测分析水平。只有勤于学习与思考，才能博取投资方向选择正确的大概率，减少失误与损失。
另外，投资者还需有与融资融券交易相适应的投资观念与投资纪律，在融资交易的期限性与强制平仓制度下，投资者要改变“单边市”的思维模式，不能奢望像普通交易持有股票一样“捂着”等待“解套。
3、时刻关注维持担保比例的变化及影响维持担保比例变化因素的信息
融资融券维持担保比例的变化，关系着投资者是否应追加保证金以及是否被券商强制平仓的问题，因此，投资者必须经常关注自己信用账户维持担保比例的变化，当接到证券公司追加保证金的通知时，应及时补充保证金，以免在2个交易日后被强制平仓；另外还要持续关注影响维持担保比例变化因素的信息，能够使维持担保比例降低的影响因素是多方面的。
总而言之，融资融券交易业务是一个高风险管理、高收益的金融交易活动，特别是在当前经济危机造成经济低迷的环境下，利用融资融券交易业务，会对经济产生一个良好的剌激作用，从而加快资金周转，增加投资者的热情，促进经济走出低谷。但融资融券业务又会通过资金周转的加速，带来通货膨胀，甚至造成经济危机的全面爆发，对银行、证券公司、投资者带来风险管理和损失。特别是我国在现行经济过热，通货膨胀压力加大的时期、在融资融券交易业务还不成熟、制度设计不完善、监督管理不到位的大背景下，加强融资融券交易业务的风险管理识别和管理非常必要。因此，我国除了在法律法规、组织机构、制度设计等方面加以完善外，还将更加重视识别融资融券业务中所蕴含的风险管理因素，并进行准确计量，同时采取有效政策加以控制。
